Во второй половине десятилетия актёр продолжает сотрудничество с европейскими режиссёрами, снявшись вместе с Джулией Ормонд и Ричардом Харрисом ещё у одного датчанина Билле Аугуста в «Снежном чувстве Смиллы». Случайно познакомившись в одном из голливудских музыкальных клубов с Вимом Вендерсом, Гэбриэл получил роль компьютерного специалиста в новом его фильме «Конец насилия» (1997), фабула которого крутится вокруг темы создания высокотехнологичной системы тотального слежения. За год до этого он снялся в трагикомедии «Время бешеных псов», где предстал в гротескном облике гангстера Бена.

В конце 1990-х с участием Бирна выходят несколько фильмов, претендовавших на статус блокбастеров, но получивших по результатам показа довольно острую критику: «Человек в железной маске», «Конец света» и «Стигматы». В двух последних, выпущенных на экраны в 1999-м, он параллельно играл и дьявола, и священника — и за обе эти роли попал в список номинантов «Худший актёр второго плана» по версии «Золотой малины».

2000-е годы

В 2000 году Гэбриэл Бирн вернулся на театральную сцену, сыграв на Бродвее Джима Тайрона в пьесе Юджина О’Нила «Луна для пасынков судьбы» (на сцене с 19 марта по 2 июля). За эту роль он получил престижную премию Theatre World Award и был номинирован на главную театральную награду США — «Тони». Через пять лет Гэбриэл вновь обратился к драматургии О’Нила, сыграв в другом бродвейском спектакле «Душа поэта» (8 декабря 2005 — 29 января 2006). За роль Кона Мелоди (главный герой пьесы) актёр был удостоен премии американских театральных критиков The Outer Critics Circle Awards.

В эти годы Бирн преимущественно берётся за роли в психологических драмах, участвуя в съёмках в Австралии, Европе, Канаде, России и Южной Африке. Осенью 2001 года он составляет дуэт Миранде Ричардсон в работе над триллером канадского режиссёра Дэвида Кроненберга «Паук» (по роману Патрика Макграта): они сыграли родителей главного героя — Денниса Клегга (роль Рэйфа Файнса), в сознании которого образы отца и матери претерпевают сюрреалистическую трансформацию.

В середине 2000-х актёр снялся в двух костюмированных фильмах — экранизациях романов Уильяма Теккерея «Ярмарка тщеславия» и Торнтона Уайлдера «Мост короля Людовика Святого», а также принял участие в российском телепроекте, посвящённом блокаде, — «Ленинград» (по заказу «1-го канала»).

В 2005 году вышла драма «Вау-вау» о жизни подростка Ральфа Комптона в королевстве Свазиленд. Режиссёр — британский актёр Ричард Грант — воссоздал в кинокартине историю своего собственного детства. На роль родителей мальчика были приглашены Миранда Ричардсон и Гэбриэл Бирн, вторую жену отца (колониального министра образования) играла Эмили Уотсон. По словам Гранта, Бирн хотел как можно меньше знать о реальном прототипе своего героя, привнеся в игру личное представление о характере Гарри Комптона: «однако же созданный им образ сверхъестественно стал похож на портрет моего отца, и я чувствую себя обязанным Гэбриэлу за то, что он сделал это с такой храбростью, честностью и бескомпромиссностью».