В 1993 году вышел ещё один фильм с участием Бондарчука-младшего, который назывался «Ангелы смерти».

В том же году Фёдор Бондарчук дебютировал в качестве режиссёра, сняв фильм «Люблю», который явился бенефисом Людмилы Гурченко.

После этого Бондарчук не снимался в течение 5 лет. Посвящая своё время преимущественно съёмкам рекламных и музыкальных видеороликов. В 1998 году он вернулся на экран в роли странноватого молодого человека по имени Влад в культовом фильме Гарика Сукачева «Кризис среднего возраста».

Следом за «Кризисом» последовала картина Григория Константинопольского «8 ½ $», где Бондарчук сыграл сразу две роли, одна из которых роль самого себя. Затем он появился в новогодней истории под названием «Витрина».

Расцвет

В 2001 году Фёдор Бондарчук снялся в фильме Романа Качанова «Даун-хаус». В этой своеобразной экранизации знаменитого «Идиота» Ф. М. Достоевского Бондарчук сыграл роль князя Мышкина.

Немногим позже Бондарчук снялся в ещё одном проекте, роль в котором очень сильно отличалась от всего, что ему приходилось играть ранее — телесериале «Мужская работа» режиссёра Тиграна Кеосаяна.

В 2001 году режиссером Валерием Рубинчиком был снят фильм «Кино про кино», за роль в котором Бондарчук получил свою первую кинопремию — «Созвездие» гильдии киноактеров.

В 2002 году на экраны выходит «В движении» Филиппа Янковского, где Фёдор Бондарчук не только сыграл одну из главных ролей, но и впервые выступил в качестве продюсера картины.

В том же 2002 году он был приглашен на канал СТС в качестве ведущего игрового шоу «Кресло», успешно начав свою телевизионную карьеру. Подтверждением тому является вручение премии ТЭФИ в номинации «Лучший ведущий развлекательной программы» в 2003 году.

В это время уже ведется активная работа над полнометражным режиссёрским дебютом Фёдора Бондарчука — фильмом «9 рота». Изначально картина задумывалась как ремейк фильма 1959 года «Судьба человека», снятого отцом Фёдора Сергеем Бондарчуком. История касалась чеченской войны. Но обстоятельства сложились так, что было решено рассказать о забытых героях Афганской войны. Сценарий фильма по словам Бондарчука на 60 процентов основан на реальных событиях. Военным консультантом картины стал бывший министр обороны Павел Грачёв, который завизировал её сценарий, написав на титульном листе: «Это будет лучший фильм об афганской войне». Съемки фильма проходили в Крыму и длились 5 месяцев. «9 рота» стала самым кассовым российским фильмом по данным проката в 2005 году. Также картина была 8 раз номинирована и удостоена 7 кинонаград, в том числе «За лучший режиссерский дебют». «9 рота» собрала в прокате 25 млн долларов при бюджете 10 млн долларов. Для Фёдора Бондарчука этот проект стал началом нового этапа в профессиональной деятельности.

Также в 2005 году среди вышедших на экраны актёрских работ Фёдора Бондарчука были картина «Статский советник», фильм «Мама, не горюй»-2, «От 180 и выше» и телепроект «Гибель империи».