В 1960-х Фонда снимался в многочисленных фильмах о войне и в вестернах, среди которых «Самый длинный день» в 1962 году, «Война на Диком Западе», «По методу Харма» и «Битва за Выступ» в 1965 году, а также «Система безопасности». В 1964 году, в разгар холодной войны в «Системе безопасности» актёр играл решительного Президента Соединённых Штатов, который пытается предотвратить ядерный холокост, проведя напряжённые переговоры с Советским Союзом, который, в свою очередь, опасается атаки со стороны США. Кроме вестернов и военных фильмов в 1963 Фонда снялся в мелодраме «Гора Спенсера», фильм был вдохновлён телесериалом The Waltons.

В 1968 году Фонде предложили роль злодея Франка в фильме «Однажды на Диком Западе». Сначала Фонда отклонил предложение, но его уговорили актёр Эли Уоллах и режиссёр Серджо Леоне, прилетевшие в США из Италии специально, чтобы встретиться с Фондой. На съёмках Генри Фонда хотел воспользоваться коричневыми контактными линзами, но Леоне предпочёл оставить натуральный цвет глаз актёра. В результате голубые глаза, смотрящие так невинно на людей, резко контрастируют с порочным характером героя.

В конце 1960-х многолетняя дружба Генри Фонда и Джимми Стюарта столкнулась с испытаниями. Актёры разошлись в своих политических взглядах. Фонда был либеральным Демократом, а Стюарт — консервативным Республиканцем. После горячих споров, они стали избегать разговоров о политике. Друзья вместе сыграли в фильме «Firecreek», а в 1970 они стали партнёрами в вестерне «The Cheyenne Social Club», второстепенном фильме, в котором они высмеивают спорящих политиков.

Последние годы

Несмотря на приближающееся семидесятилетие, Фонда продолжал активно работать как в кино, так и на телевидении. В 1970 он снялся в трёх картинах, наиболее успешной из которых была «The Cheyenne Social Club». Двумя другими были: «Слишком поздно герой», в котором Фонда играл второстепенную роль, и «Жил был обманщик» режиссёра Джозефа Лео Манкевича о харизматичном преступнике Парисе Питмане Младшем, который пытается убежать из Аризонской тюрьмы. Партнёром Фонды в этом фильме был Кирк Дуглас.

Своё участие в иностранных телевизионных проектах нужны были Фонде, чтобы поддерживать актёрскую карьеру, так как в то десятилетие многие актёры испытывали карьерный спад. В 1971—1972 годах он снимался в телевизионном сериале «Семья Смит» канала ABC, а в 1973 году — в телефильме «Красный пони» по новелле Джона Стейнбека, который принёс актёру номинацию Эмми. После съёмок в неудачной мелодраме «Пепельная среда», Фонда снялся в трёх итальянских фильмах, вышедших в 1973 и 1974 годах. Наиболее успешной из них был «Меня зовут Никто», представляющего Фонду в редком для него комедийном амплуа.

Генри Фонда продолжал активно играть в театре вплоть до последних лет своей жизни. Он вернулся на Бродвей в 1974 году, чтобы сыграть в биографической драме «Кларенс Дарроу» о знаменитом американском юристе. За эту роль Фонду номинировали на премию Тони.

К тому времени здоровье актёра было уже подорвано, но первые симптомы заболеваний появились после спектакля в апреле 1974 года, когда у него случился приступ сердечной недостаточности. После появления сердечной аритмии, у Фонда обнаружили рак простаты. После операции актёр вернулся на сцену в 1975 году.

Генри Фонда, прислушавшись к совету врачей, оставил сцену в 1978 году, сыграв в спектакле «Первый понедельник октября», но продолжал сниматься в фильмах и на телевидении. Так как здоровье актёра продолжало ухудшаться, он брал бóльшие паузы между съёмками.