Публикация была разрешена, но в книге было сделано столько купюр и изменений, что текст получился чисто антифашистской направленности, вместо собственно антитоталитарной. Ответственными за это Кузнецов назвал главного редактора журнала «Юность» Бориса Полевого и ответственного секретаря Леопольда Железнова. Даже название романа Кузнецову с трудом удалось отстоять, поскольку его хотели изменить, чтобы оно не ассоциировалось с вышеуказанным стихотворением Евтушенко.

Когда Кузнецов узнал, что большая часть особо важного текста была выброшена из книги, он потребовал рукопись обратно, но ему её не вернули, так как Суслов уже дал добро на печать. В 1966 году в журнале «Юность» был опубликован сокращённый роман, однако никакой надписи о сокращении не было. Местами текст получился откровенно бессвязным, иностранные переводчики зачастую не понимали смысл некоторых предложений. Через некоторое время издательством «Молодая гвардия» была выпущена книжная версия, в которую были вставлены порядка 30 машинописных страниц. Общий тираж журнальной версии составил 2 миллиона экземпляров, книжной — 150 тысяч.

Кузнецов сделал всё возможное, чтобы книга была опубликована в СССР в как можно большей комплектации. Он никогда не переставал работать над главной рукописью, которую постоянно дополнял по рассказам очевидцев и своим воспоминаниям. Рукопись Кузнецов дома хранить боялся, опасаясь ареста за антисоветскую пропаганду. По его рассказам, он спрятал её в стеклянные банки и зарыл в лесу под Тулой. Спустя некоторое время Кузнецов перефотографировал рукописи, и в 1969 году, захватив их, бежал из СССР. Его книги перестали выдавать в библиотеках, изъяли из продаж в СССР. В 1970 году в Лондоне была опубликована полная версия «Бабьего Яра». Впоследствии Кузнецов стал работать на «Радио Свобода», где в том числе рассказывал и о трагедии Бабьего Яра. В 1979 году писатель умер. «Бабий Яр» в России был издан в полной версии уже после развала СССР. В 2008 году сын писателя Алексей Кузнецов перевёл роман на украинский язык, и 22 сентября 2008 года состоялась его презентация.

Издания романа

• Первопубликация: Кузнецов Анатолий. Бабий Яр. Роман-документ // «Юность» (Москва). 1966. № 8-10 (в существенно измененном советской цензурой виде).
• Первое советское издание: Кузнецов А. Бабий Яр. М.: Молодая гвардия, 1967 (в существенно измененном советской цензурой виде).
• Первое полное издание: Анатолий А. Бабий Яр. Frankfurt am Main: Possev-Verlag, 1970 (переиздание: там же, 1988).
• Второе советское издание: Кузнецов А. Бабий Яр. М.: Советский писатель; Олимп, 1991 (без цензуры).
• Третье советское издание: Кузнецов А. Бабий Яр. Киев: Обериг, 1991 (такое же).
• Первое российское издание: Кузнецов А. Бабий Яр. М.: Захаров, 2001 (переиздание: там же, 2005).
• Второе российское издание: Кузнецов А. Бабий Яр. М.: Астрель; Corpus, 2010 (копия посевовского издания 1970 года).

Интересные факты

• В 2009 году в Киеве был открыт памятник Анатолию Кузнецову в виде бронзового мальчика, читающего на стене немецкий указ периода оккупации. Текст оккупационной листовки на памятнике выполнен только на двух языках, крупным украинским шрифтом и мелким немецким, тогда как прототип, подлинная листовка именно такого содержания, выполнена и на русском языке:

Мы стремглав побежали все на улицу. На заборе была наклеена серая афишка на плохой оберточной бумаге, без заглавия и без подписи:

«Все жиды города Киева и его окрестностей должны явиться в понедельник 29 сентября 1941 года к 8 часам утра на угол Мельниковской и Дохтуровской (возле кладбищ). Взять с собой документы, деньги, ценные вещи, а также теплую одежду, белье и проч. Кто из жидов не выполнит этого распоряжения и будет найден в другом месте, будет расстрелян. Кто из граждан проникнет в оставленные жидами квартиры и присвоит себе вещи, будет расстрелян».

Ниже следовал этот же текст на украинском языке, ещё ниже, мелким петитом, на немецком, так что афишка получилась трехэтажная.

Церемония открытия памятника была проведена в виде настоящего театрализованного представления, которым организаторы постарались воссоздать атмосферу тех дней. Петропавловская улица была перекрыта от въезда машин ограждениями из колючей проволоки, стены нескольких домов были задрапированы чёрной материей с немецкими объявлениями 1941 года, предписывающих еврейскому населению Киева явиться к Бабьему Яру. Вдоль тротуаров стояли члены военно-исторического клуба, одетые в форму немецких военнослужащих времен Второй мировой войны. Улицы через громкоговорители наполнялись объявлениями, звучащими на немецком языке, изредка слышались звуки выстрелов. Из-за угла улицы появилась телега, запряженная лошадью. На ней сидели двое маленьких детей, а за ними шли люди в одежде 1940-х годов, которых подталкивали вперёд солдаты в немецкой форме с собаками. Церемония озвучивалась траурной музыкой.