Вторая книга охватывает период с 1039 до 1092 года и описывает правление чешских князей, начиная с Бржетислава I. Она заканчивается смертью Вратислава II. Книга состоит из предисловия и 51 главы и посвящена Клименту, аббату Бржевновского монастыря. Вторая книга основана на сообщениях очевидцев, а также на личных наблюдениях Козьмы, о чём он сообщает в предисловии. При этом данная книга содержит ряд хронологических и фактических ошибок, а также некоторые умолчания.

Наиболее достоверной и подробной является третья книга, охватывающая период с 1093 до 1125 года. Она состоит из предисловия и 62 глав. Автор является очевидцем описываемых событий, однако при изложении фактов он выражает свою политическую позицию, а также старается избегать критики правителей княжества. Начинается книга описанием правления князя Бржетислава II и заканчивается первым годом правления князя Собеслава I — 1125 годом. В этом году Козьма умер, о чём в конце хроники была сделана последняя запись.

Стиль и язык хроники

«Хроника», как и большинство других европейских хроник того времени, была написана на латыни. Сам автор называл свой язык «сельским», однако, по мнению позднейших исследователей, язык, которым написана хроника, находился на том же уровне, на котором писались большинство произведений того времени. При этом Козьма использует как латинские слова и выражения классического периода, так и термины средневековой латыни. Кроме того, встречаются и греческие слова.

Как и многие другие хронисты того времени, Козьма в своём произведении сохранил традиции античных авторов. По его собственным словам, он относился к «Хронике» как к героическому эпосу. Нередко автор использует мифологические и библейские сюжеты, а также античную поэзию. Иногда он указывает цитируемых авторов, однако чаще цитаты даются без упоминания имён. Для изображения битв используются трафаретные приёмы. В ряде мест Козьма подражает Гомеру, а также чувствуется сильное влияние на автора произведений Гая Саллюстия Криспа, Тита Ливия и Боэция. Вместе с тем, сильно влияние и традиций средневековых хронистов, в первую очередь Регино Прюмского.

Язык, которым написана «Хроника», отличается живостью и выразительностью, несмотря на некоторую риторику. В тексте хроники встречается как прозаический текст, так и рифмованный, для которого используются разные стихотворные формы (чаще всего — гекзаметр). Одним из применяемых Козьмой риторических приёмов «Хроники» является использование прямой речи.

Достоверность данных хроники

Большинство исследователей «Хроники» отмечали, что Козьма Пражский был добросовестным летописцем. Этим он отличается от некоторых позднейших хронистов. Своей целью при написании «Хроники» Козьма видел воссоздание славного прошлого чешского народа. Для этого он старался отбирать наиболее достоверные факты. При этом он, в большинстве случаев, всегда указывал, где он использовал народные предания, а где — исторические источники (на которые он периодически ссылается) или «рассказы свидетелей, достойных доверия». Кроме того, автор строго разделяет историю Чехии — до и после введения христианства. Для дохристианской Чехии Козьма Пражский не стал датировать события, даты появляются только начиная с правления князя Борживоя I.

При всех своих достоинствах, «Хроника» в некоторых местах содержит ошибки и неточности. Описывая некоторые события (по большей части при освещении «мифологического периода»), автор отходит от своих принципов. По мнению позднейших исследователей, некоторые легенды были выдуманы самим Козьмой. Кроме того, при изложении событий исторического периода иногда присутствуют ошибки в хронологии, причём даты «Хроники» иногда расходятся с датами анналов, которые использовались самим Козьмой. В первую очередь, это касается истории Пражского епископства, которое было основано князем Болеславом I Грозным. Козьма сам упоминает о том, что папа Иоанн XIII даровал грамоту об основании епископства во время правления Болеслава. Однако Козьма не скрывает своего отрицательного отношения к Болеславу I, который был убийцей своего брата, святого Вацлава. И, поскольку в использованных Козьмой анналах был указан неправильный год смерти Болеслава I (967, а не 972 год), автор «Чешской хроники» отнёс основание епископства к периоду правления Болеслава II Благочестивого, сына Болеслава I, произвольно указав 967 год как дату выбора первого епископа. В действительности, первый епископ Детмар был утверждён в 973 (по другой версии в 975) году. Существуют и другие неточности в хронологии.