Александров осуждал рассылку рукописи по зарубежным странам. Также книгу компрометировало её создание в сотрудничестве с США, так как уже начиналась холодная война. Несмотря на недовольство Александрова, ЕАК изыскали возможность продолжить печать, разместив заказ в июле 1947 в типографии Высшей Партийной Школы (42 печатных листа тиражом 30 тыс. экз.). Официального запрета Жданова не последовало, и на верстке появилась виза «В печать» датированная 14 июля 1947 года.

В письме С. М. Михоэлса Жданову от 18 сентября 1947 г. говорилось, что «20 августа с.г., когда книга в основном (33 листа из 38) была набрана и напечатана, со стороны Главлита последовало распоряжение о прекращении печатания книги».

«Справка» 7 октября 1947 г. в ответ на повторное письмо С. М. Михоэлса за подписью заведующего отделом издательств Управления пропаганды ЦК ВКП (б) М. А. Морозова была направлена справка в секретариат А. А. Жданова, в которой говорилось «„Черная книга“ была внимательно рассмотрена в Управлении пропаганды. Книга содержит серьёзные политические ошибки. Издание книги на 1947 год Управлением пропаганды не утверждено. Исходя из этого, „Черная книга“ не может быть издана».

Набор книги был уничтожен в 1948 году, в январе того же года был убит Михоэлс. В книге «Люди, годы, жизнь» Эренбург пишет: «20 ноября 1948 года, когда закрыли Еврейский антифашистский комитет, рассыпали набор „Черной книги“, забрали гранки и рукопись». В конце 1948 г. начались аресты активных членов ЕАК. При подготовке к судебному процессу 1952 года, где обвинения были предъявлены руководству ЕАК, по свидетельству Эренбурга, участие в создании «Черной книги» занимало весьма важное место.

Рукописи и публикации

Часть материалов Эренбурга, впоследствии вошедших в «Чёрную книгу», были опубликована на русском языке под заголовком «Народоубийцы» в журнале «Знамя» (№ 1-2, 1944, стр. 183—196); а также на идише в сборнике «Мердер фун фелкер» («Народоубийцы», кн. 1-2, М., 1944) в издательстве «Дер Эмес».

В 1944—1945 Эренбург и Гроссман составили два тома «Убийство народа» на идише и вверили рукопись ЕАК. Рукопись варианта лета 1945 года была передана представителю советского обвинения на Нюрнбергском процессе и сохранилась в архивах ЧГК. В начале 1946 года дополненная и отредактированная в соответствии с пожеланиями рецензентов и постановлениями комиссии рукопись была послана в 10 стран мира (США, Израиль (тогда британская Палестина), Австралия, Англия, Болгария, Италия, Мексика, Франция и Румыния). В Румынии в том же году были изданы выдержки.

После разгона ЕАК все подготовительные материалы к «Черной книге», занявшие 27 томов, были сохранены в архиве МГБ, затем переданы на секретное хранение в ЦГАОР (совр. Государственный архив Российской Федерации), и стали открытыми для исследования только в 1989 году. В 1965 году в своих письмах Эренбург сообщал, что «ведутся переговоры с АПН об издании», но из этого также ничего не вышло.

В 1947 году Эренбург передал в Еврейский музей Вильнюса на временное хранение и для использования 2 альбома, состоящие из 413 страниц, с материалами «Черной книги»; ему их вернули в 1948 г. после закрытия ЕАК. В 1960 году Исторический музей Вильнюса попросил у Эренбурга эти материалы, писатель удовлетворил их просьбу, но через год забрал их обратно, говоря, что они нужны ему для работы. В 1965 году в своих письмах Эренбург сообщал, что «ведутся переговоры с АПН об издании», но из этого также ничего не вышло.

В 1970 году, разбирая архив отца, Ирина Эренбург обнаружила папки «Черной книги» и, зная, что ими интересовался КГБ, отдала его на хранение разным людям, а затем в начале 80-х годов переправила в Иерусалим. Эта рукописная «Чёрная книга» хранится в Национальном мемориале катастрофы и героизма (Яд ва-Шем) в Израиле.

Впервые на русском языке «Чёрная книга» вышла в Иерусалиме в 1980 году издательством «Тарбут», но, как отмечалось в предисловии, некоторых материалов в Израиле не оказалось. (Это издание осуществлено на основе рукописи, разосланной в 1946 году в 10 стран). Затем её издали в Киеве в 1991 и в том же году на Украине ещё раз.

В январе 1993 года знакомый Ирины Эренбург передал ей чудом сохранившуюся верстку «Черной книги», сохранившейся с разгона ЕАК в 1948 году. На нём чьей-то рукой написано «По исправлении в печать. 14. VI. 47». В 1993 году в Вильнюсе издательством «Йад» было осуществлено издание, включающее этот корректурный оттиск уничтоженного 1947 года набора (опубликован впервые), фрагменты из материалов Государственного архива Российской Федерации (машинописные страницы 1945 года с купюрами, вычеркнутыми рецензентами при подготовке к варианту 1946 года) с дополнениями из «Черной книги» иерусалимского издания 1980 года.