В романе присутствуют также воспоминания детства Чарли, его встречи с родителями и сестрой, запоздалое осознание себя мужчиной.

Ещё через месяц уровень интеллекта Чарли становится выше, чем уровень интеллекта профессоров, проводящих эксперимент. Для Чарли очевидны их ограниченность и заблуждения. Когда у подопытной мыши начинают наблюдаться признаки регрессии, он решает сам продолжить исследование и использовать всю силу собственного интеллекта, чтобы найти решение проблемы.

Несмотря на видимую первоначальную удачу эксперимента, поведение мыши даёт серьёзный повод для беспокойства — её интеллект начинает угасать столь же быстро, как и нарастал. Через некоторое время Элджернон умирает. При вскрытии видно, что его мозг уменьшен, извилины сглажены. Чарли попросил не сжигать труп Элджернона, как это обычно делали с лабораторными животными, и похоронил его сам.

Исследования Чарли показали, что после операции, разработанной Штраусом и Немюром, стремительная регрессия неизбежна. Становится понятной дальнейшая судьба Чарли: он обречён на возвращение в исходное психическое состояние.

В романе главный герой пытается до последнего, используя свой всё ещё могучий интеллект, найти положительный выход из этой ситуации. Он смутно представляет, в каком направлении следует начинать исследования, которые могут помочь всем людям справиться с проблемой слабоумия, но понимает, что у него нет времени на подготовку этих исследований. Умственный уровень Чарли снижается так же быстро, как и повышался. Чарли испытывает глубокую депрессию и думает о самоубийстве, но острота его переживаний уменьшается вместе с интеллектом. В романе его IQ становится в итоге даже немного ниже, чем был первоначально. Он возвращается к своей прежней профессии, хотя и боится, что теперь над ним будут смеяться больше, чем прежде. Прежние товарищи по работе, ранее всегда устраивавшие над ним злые шутки (они даже придумали выражение «валять Чарли Гордона»), а после операции отвернувшиеся от него, теперь относятся к нему с добротой и жалостью. Они заступаются за Чарли, когда новый работник начинает издеваться над ним.

В романе Чарли решает навсегда уехать из родного города после того, как по рассеянности он снова приходит в школу для взрослых к мисс Кинниан и видит, что она плачет. Рассказ же заканчивается на относительно оптимистичной ноте — Чарли старается ни о чём не жалеть и желает добра всем, кто пытался ему помочь. Он чувствует благодарность: «я узнал много разных вещей а раньше я никогда даже незнал что они есть на свете и я благодари за то что я хоть наминутку это увидел». Он помнит, что получал огромное удовольствие, когда читал «синюю книжку с порваной обложкой», и решает обязательно «все время старатца стать умным чтобы опять было так хорошо».

Название рассказа взято из просьбы Чарли в конце его дневника — «P.P.S. Если у вас будет вазможность положите пожалуста немножко цвитов на могилу Элджернона которая на заднем дваре…» (пока Чарли не уехал, он клал цветы каждую неделю после смерти мыши).

Примечателен тот факт, что в романе (в отличие от рассказа) развитие сюжета увязано со временем года повествования. Весна символизирует исцеление главного героя, лето — своего рода расцвет главного героя и признание его миром, осень — период интеллектуального угасания. Так, с главным героем читатель знакомится в начале марта, и в этот же месяц делается операция. Весной происходит его «становление» как гения, притом что окончательное выздоровление происходит в мае и в этот же месяц Чарли уходит из пекарни, на которой был чернорабочим. Летом Чарли Гордон привыкает к жизни гения и выходит в свет, он даже возглавляет научную работу врачей, которые его исцелили, и превосходит их в августе. Осенью начинается угасание, завершающееся в ноябре.

Экранизации и театральные постановки

В 1968 году в США был снят фильм «Чарли» — за него актёр Клифф Робертсон был награждён «Оскаром», кино также получило «Золотой Глобус» за сценарий и несколько менее значимых наград. На русский язык фильм не переводился, из-за этого нет устоявшегося мнения о русском названии фильма.

В 2000 году вышел телевизионный фильм «Цветы для Алджернона» с Мэттью Модайном в главной роли.

В 2006 году во Франции был снят фильм «Цветы для Алджернона» с Жюльен Буаселье и Элен де Фужроль в главных ролях.

В 2007 в Александринском театре по рассказу «Цветы для Элджернона» был поставлен спектакль «Цветы для Чарли», режиссёр Искандэр Сакаев.

С сюжетом данного рассказа в общих чертах перекликается сюжет фильма «Газонокосильщик» (The Lawnmower Man), снятый в 1992 году.