О «Владычестве инков» Рауль Поррас Барренечеа сказал: «Восхищает, как в такую бурную пору, какой были годы с 1548 по 1550, когда Сьеса находился в Перу, он смог написать работу настолько основательную, так надежно и достоверно документированную, и такой зрелости, об истории и установлениях инков. История инков родилась взрослой у Сьесы. Никто не может оспаривать его первенство относительно Инкской державы. История кастильского хрониста сразу ввела инков во всемирную историю».

Эта часть не была издана при жизни автора, и как указал Сьеса в своём завещании: «Также приказываю, чтобы другую книгу, мною написанную, и содержащую хронику об ингах и о тех, кто открыл и завоевал перу, что если кто-либо из моих душеприказчиков захочет её издать, то пусть возьмёт её и воспользуется ею, и получит выгоду от издания, а если они не захотят этого, то приказываю, чтобы её отправили епископу чиапа[са] ко двору, и отдадут её ему с обязательством, чтобы он издал её». По неизвестным причинам, епископ Чиапаса Бартоломе де Лас Касас не заинтересовался рукописями Сьесы, после чего они исчезают надолго. Известно только, что рукописи одно время находились у инквизитора Севильи Андреса Гаско, а потом у королевского хрониста Хуана Паэса де Кастро.

Рукопись библиотеки Эскориала

Рукопись этой второй части в XIX веке хранилась в Библиотеке Эскориала, и была издана в 1877 году. В ней отсутствовали несколько глав: первая, вторая, большая часть третьей, часть пятьдесят четверти (?) и, возможно, пятьдесят пятой.

Рукопись библиотеки Ватикана

Другую рукопись Второй части Хроники обнаружила в 1980-х годах исследовательница Франческа Канту в Апостольской Библиотеке Ватикана. В Ватиканской рукописи, на первом листе текста, относящегося ко Второй Части, не хватает правой верхней четверти и, следовательно, нумерации. Следует отметить, однако, что следующий лист пронумерован как лист 3. В таком случае, единственным, недостающим является лист 1. Полагаясь на среднюю величину глав Второй Части, можно было бы утверждать, что глава, из которой образуется часть обширного фрагмента, соответствующего листу 2 r.-v. [лицевая и оборотная стороны], не будет ни главой I, ни главой III, согласно нумерации, которую даёт Маркос Хименес де ла Эспада исходя из того факта, что в главе C [то есть Сотой] из Первой части, Сьеса написал: «Многие из этих индейцев рассказывают, как они услышали от своих стариков, что в давние времена был большой потоп и [был он] таким, каким я его описываю в третьей главе Второй Части. И они поясняют, что их предки из седой старины, о чьём происхождении они рассказывают столько всяких слов и басен, [и] если они таковы, то я непременно хочу остановиться и написать об этом, потому что одни говорят, что они вышли из источника, других — из скалы, иные — из озёр». Всё же можно было бы подумать как о правдоподобной ошибке при печати (там, где типограф может прочитать «третий» вместо «первый») или лишь приблизительной (или путанной) цитату самого Сьесы, который в своей Первой Части, в главе LXIII написал: «хотя я много поусердствовал над этим и беседовал с мужами учеными и любознательными, я не смог разузнать о происхождении этих [или же Индейцев Перу] или их начала, […] хотя во Второй Части, в первой главе, я пишу о том, что смог таки об этом разузнать». Ватиканская рукопись, тем не менее, не позволяет обнаружить абсолютную достоверность в связи с этим (хотя есть гипотеза, что потерялись не целых две главы Второй Части, а только фрагмент главы I).