Как и в случае со статьёй «Конец истории?», отзывы, поступившие от сторонников самых разных политических воззрений, были в основном резко негативными. Так, американский специалист в области политической теории John Dunn (political theorist) назвал «Конец истории» «детским произведением», написанным в «худших традициях студенческих семестровых работ». Фукуяма трижды выступал с ответом на критику: первый раз — в ответ на критику статьи в National Interest, второй и третий — по случаю пятилетней и десятилетней годовщины со времени выхода статьи. В ответных рецензиях он указывал на то, что в большинстве случаев негативная реакция вызвана или невнимательным прочтением книги, или непониманием того, что в ней изложено.

Наступил ли триумф демократии?

В книге «Призраки Маркса» французский философ Жак Деррида обратил внимание, что Фукуяма провозглашает уже свершившийся «конец истории», наступивший с победой идеи либеральной демократии, которая не имеет, в его представлении, равнозначных альтернатив, и вместе с тем откровенно игнорирует факты, свидетельствующие о том, что либеральная демократия в своей идеальной предельной форме нигде в мире не существует, то есть это достижение будущего или, что куда более вероятно, недостижимый идеал. Деррида пишет: «Поскольку Фукуяма оставил без внимания то, каким образом следует мыслить событие, он беспорядочно колеблется между двумя несовместимыми способами рассуждения. Хотя Фукуяма верит в то, что либеральная демократия уже безусловно осуществилась (это и есть „важная истина“), это ему нисколько не мешает противопоставлять идеальность такого либерально-политического идеала огромному количеству свидетельств, показывающих, что ни США, ни Европейское сообщество отнюдь не достигли стадии совершенного, универсального государства или либеральной демократии и, так сказать, даже близко к нему не приближались».

В статье «Reflections on the End of History, Five Years Later» Фукуяма пояснил свои позиции по этому и сопряжённым вопросам. Он указал на то, что критики часто смешивали эмпирические и номинативные положения в его книге. Провозглашение «конца истории» является номинативным, но не эмпирическим: оно означает не то, что «конец истории» — это свершившийся факт, что наступил конец войнам, голоду, этническим и религиозным конфликтам; а то, что в плане идей и теорий нет больше жизнеспособных альтернатив либеральной демократии. «Наиболее расхожим ложным толкованием моих аргументов является утверждение, что „конец истории“ это эмпирическое положение, описывающее современную ситуацию в мире, — писал американский политолог. — Эти критики полагают, будто я заявил, что больше не будет войны, борьбы, конфликтов, и их критика приобретает форму: „Как мы можем увидеть, история не закончилась, потому что X случилось“, где X это всё, что рассматривается как нечто плохое: война в Персидском заливе, Югославские войны, голод в Сомали, переворот в Москве, и дальше по списку. … [„Конец истории“] это не то, что уже есть, а то, что должно быть».

Игнорирование исламского мира

Уже в самой книге Фукуяма однозначно указал на причины, по которым ислам не сможет составить конкуренцию либеральной демократии: «Несмотря на мощь, продемонстрированную исламом в его теперешнем возрождении, остаётся фактом, что эта религия практически не пользуется авторитетом за пределами стран традиционной исламской культуры. Времена культурных завоеваний ислама, похоже, прошли: он может вернуть на свою сторону отпавших приверженцев, но вряд ли найдёт отклик у молодых людей в Берлине, Токио или Москве. И хотя около миллиарда человек — одна пятая населения Земли — принадлежит к исламской культуре, бросить вызов либеральной демократии на её собственной территории на уровне идей ислам не может». Более того, «за последние полтора столетия либерализм привлёк на свою сторону многочисленных и обладающих властью приверженцев ислама».