По существу, не региональная Красная книга на Земле одна: это Красная книга МСОП — единственная, которая даёт информацию о редких видах в пределах всего ареала. Лишь в этом случае речь идёт о планетарном сохранении редких видов. Все остальные национальные Красные книги региональны, только территориальные масштабы их различны. Например, в Красной книге СССР (сейчас это Россия, страны СНГ и Балтии) из 80 видов птиц менее 20 внесены в Красную книгу МСОП, а остальные являются, таким образом, регионально редкими.

Национальные Красные книги, за редким исключением, дают информацию лишь о частях ареалов видов и подвидов животных и растений. Только в случаях с узкоареальными видами можно говорить о сохранении мирового генофонда в масштабах той или иной национальной или даже региональной Красной книги. Для животных это довольно редкое явление (например, русская выхухоль или эндемики озера Байкал).

Как правило, чем регион больше, тем он значимее для дела охраны живой природы. Исключение составляют некоторые сравнительно небольшие территории, обладающие исключительным биологическим разнообразием, обилием эндемичных видов или видов, редких и исчезающих в мировом масштабе. Таковы, например, Кавказ, Алтай, юг Дальнего Востока, некоторые районы Средней Азии.

В 1990-х—2000-х годах появился целый ряд новых региональных Красных книг различного административного уровня. .

В субъектах Российской Федерации вышли следующие издания:

• Алтайский край. 1994, 2006 гг. (См. Красная книга Алтайского края)
• Амурская область. 2009 г. (См. Красная книга Амурской области)
• Архангельская область. 1995, 2008 гг.
• Башкирская АССР и Республика Башкортостан. 1984, 1987, 2001 гг. «О РЕДКИХ И НАХОДЯЩИХСЯ ПОД УГРОЗОЙ ИСЧЕЗНОВЕНИЯ ВИДАХ ЖИВОТНЫХ И РАСТЕНИЙ, ЗАНЕСЕННЫХ В КРАСНУЮ КНИГУ РЕСПУБЛИКИ БАШКОРТОСТАН»
• Белгородская область. 2004 г.
• Бурятская АССР. 1988 г.
• Владимирская область. 2008 г.
• Волгоградская область. 2004 г. — т. 1. Животные; 2006 г. — т. 2. Растения и грибы (См. Красная книга Волгоградской области)
• Вологодская область. 2005 г. (См. Красная книга Вологодской области)
• Воронежская область. 2011 г.
• Еврейская АО Часть 1. Растения. 1997 г., 2006 г. (редкие и находящиеся под угрозой исчезновения виды растений и грибов)
• Забайкальский край. 2000, 2012 гг.
• Иркутская область. 2001, 2010 гг.
• Калининградская область. 2010 г.
• Кабардино-Балкария. 2000 г.
• Калужская область. 2006 г.
• Камчатский край. 2007 г.
• Карачаево-Черкесия. 1988 г.
• Карелия. 1985 г., 1995 г., 2008 г.
• Кемеровская область. 2004, 2012 г.
• Костромская область. 2009 г.
• Краснодарский край. 1994 , 2007 гг.
• Красноярский край. 1995, 2011 гг.
• Курганская область. 2002, 2012 г.
• Курская область. 2001 г.
• Ленинградская область. 2004 г. (См. Красная книга природы Ленинградской области)
• Липецкая область. 1997, 2005 г.
• Москва. 2001 г. (См. Красная книга Москвы)
• Московская область. 1998 г., 2008 г. (См. Красная книга Московской области)
• Мурманская область. 2003 г. (См. Красная книга Мурманской области)
• Ненецкий автономный округ. 2006 г.
• Нижегородская область. 2005 г.
• Новосибирская область. 2008 г.
• Омская область. 1982 г., 2005 г.
• Оренбургская область. 1998 г.
• Орловская область. 2007 г.
• Пензенская область. 2002 г.
• Пермский край. 2008 г.
• Приморский край. 2001 г.
• Республика Алтай. Животные. 1996 г., 2007 г.
• Республика Дагестан. 1999 г.
• Республика Карелия. 1985, 1995, 2007 гг. (См. Красная книга Республики Карелия)
• Республика Коми. 1996, 2009 гг.
• Республика Марий Эл. 1997, 2002 гг. (См. Красная книга Республики Марий Эл)
• Республика Мордовия. 2003 г. (См. Красная книга Республики Мордовия)
• Республика Саха. 2000 г.
• Республика Хакасия. 2002 г.
• Ростовская область. 2003 г. (См. Красная книга Ростовской области)
• Рязанская область. 2001, 2011 гг.
• Самарская область. 2007 г.
• Санкт-Петербург. 2004 г. (См. Красная книга природы Санкт-Петербурга)
• Сахалинская область. 2000 г.
• Саратовская область. 1996, 2006 г.
• Свердловская 2008 г. (См. Красная книга Свердловской области)
• Северная Осетия. 1981 г.
• Смоленская область. 1997 г. (См. Красная книга Смоленской области)
• Ставропольский край. 2002 г.
• Тамбовская область. 2000—2002, 2012 гг.
• Татарстан. 1995 г.
• Тверская область. 2002 г. (См. Красная книга Тверской области)
• Томская область. 2002 г.
• Тульская область. 2011 г.
• Тюменская область. 2004 г. (См. Красная книга Тюменской области)
• Удмуртская республика. 2001 г.
• Ульяновская область. 2005 г.
• Хабаровский край. 1997, 1999 гг.
• Ханты-Мансийский автономный округ. 2003 г.
• Челябинская область. 2005 г.
• Чувашская Республика. 2001 г. (1 том — Растения). 2011 г. (2 том — Животные)
• Чукотский автономный округ. 2008 г.
• Якутская АССР. 1987 г.
• Ямало-Ненецкий АО. 1997, 2010 гг.
• Ярославская область. 2004 г. (См. Красная книга Ярославской области)

Списки видов

• Список голосеменных растений, занесённых в Красную книгу России
• Список грибов, занесённых в Красную книгу России
• Список земноводных, занесённых в Красную книгу России
• Список кольчатых червей, мшанок и плеченогих, занесённых в Красную книгу России
• Список лишайников, занесённых в Красную книгу России
• Список млекопитающих, занесённых в Красную книгу России
• Список моллюсков, занесённых в Красную книгу России
• Список моховидных растений, занесённых в Красную книгу России
• Список насекомых, занесённых в Красную книгу России
• Список папоротниковидных растений, занесённых в Красную книгу России
• Список плауновидных растений, занесённых в Красную книгу России
• Список покрытосеменных растений, занесённых в Красную книгу России
• Список пресмыкающихся, занесённых в Красную книгу России
• Список птиц, занесённых в Красную книгу России
• Список ракообразных, занесённых в Красную книгу России
• Список рыб и круглоротых, занесённых в Красную книгу России