Иехония стал продолжать антивавилонскую политику, что вызвало новое вторжение вавилонской армии. В марте 597 года до н. э. Навуходоносор снова подступил к Иерусалиму. Иехония, видя, что сопротивление бесполезно, тут же в марте сдал город без боя. После этого Иехония вместе со всей своей семьёй был отправлен в плен в Вавилон. Туда же были выселены и 10 000 иудеев. Вавилоняне захватили сокровища царского дворца и часть сокровищ и богослужебных предметов Иерусалимского храма. На место Иехонии Навуходоносор назначил его дядю Седекию, взяв с него клятву хранить верность Вавилонии и не вступать в сношения с Египтом. На Иудею была наложена дань.

Трения с Египтом

В 594 году до н. э. умер фараон Нехо. Сразу же по вступлению на престол его сын Псамметих II начал подготовку к большой войне с Вавилонией. В 591 году до н. э. он во главе флота и в сопровождении сонма жрецов прибыл якобы с религиозными целями в финикийский город Гебал (Библ). Это была явная провокация против Вавилона, под властью которого находилась Финикия. Фараон демонстрировал военно-морскую мощь Египта населению Заречья, поощряя его тем самым к восстанию.

Осенью 589 года до н. э., по сигналу из Египта, выступили иудеи. Навуходоносор во главе своей армии появился на границе Иудеи. Прочие мелкие государства Заречья не посмели примкнуть к восстанию и по требованию Навуходоносора выставили свои вспомогательные отряды. В результате Иудея осталась в одиночестве. Вавилоняне опустошили её территорию и 15 января 588 года до н. э. осадили Иерусалим. Осаде подверглись также города Лахиш и Азек, где засели иудейские гарнизоны. 8 февраля 588 года до н. э. Псамметих II умер, так и не успев послать обещанную иудеям помощь.

Выполняя обещание отца иудеям, новый фараон Априй двинул в Азию свою армию и флот. Навуходоносор, узнав о наступлении египтян, отступил от Иерусалима и направил свою армию на врага. В последующем сражении на суше египтяне потерпели неудачу, но на море они одержали победу над объединённым флотом Тира и Кипра, посланного в бой Навуходоносором. Затем Априй высадил войско для взятия Сидона, после чего сдались и другие финикийские города. Египетское проникновение в Финикию серьёзно поколебало вавилонское господство в Заречье. Восстал Дамаск, попытки мятежа имели место в Хамате и Arpad, Syria. К тому же в Сирию с севера неоднократно вторгались лидийцы — союзники Египта, которые вели войну с Мидией, союзницей Вавилона. Но всё же Навуходоносору удалось восстановить своё господство в Заречье и продолжить осаду Иерусалима.

Взятие Иерусалима

Весной 586 года до н. э. армия Априя вновь появилась на юге, угрожая вавилонскому войску, осаждающему Иерусалим, но была оттеснена, и 18 июля 586 года до н. э. Иерусалим, страдающий от голода и эпидемий, пал. Среди военачальников, бравших Иерусалим, отличился Нергал-шар-уцур, будущий царь Вавилона. Царь Седекия попытался бежать, но был схвачен возле Иерихона, ослеплён и отправлен в Вавилон. Храм Соломона был разрушен, Иерусалим сожжён, а его стены срыты. Уцелевшие после осады и штурма жители Иудеи были угнаны в рабство.

Подчинение Тира

Затем Навуходоносор захватил город Сидон и разгромил государство Эдом. И только Тир продолжал упорное сопротивление. Вавилоняне без труда захватили его материковую базу Ушу, но сам Тир, находящийся на острове в море, взять не смогли и вынуждены были перейти к его длительной осаде, которая началась ещё 23 апреля 587 года до н. э.