В отношении лингвистических особенностей памятника наиболее показательны именно тексты псалмов, потому что в скрытых текстах (см. ниже) многие буквы (от интерпретации которых зависит наличие того или иного языкового явления) читаются неоднозначно.

Скрытые тексты

Помимо основного текста, А. А. Зализняк сообщил о «реконструкции» части предыдущих («скрытых») текстов по отпечаткам и царапинам стилоса на деревянных дощечках, находящихся под воском. По его словам, проблема восстановления этих текстов заключается прежде всего в том, что друг на друга наложились очень слабые отпечатки десятков тысяч букв, едва ли отличаемые от случайных штрихов и трещин на дереве. (А. А. Зализняк говорит о «гиперпалимпсесте».)

Некоторые ученые (К. Станчев, Д. М. Буланин) высказывали сомнения в возможности существования «скрытых текстов» и в возможности их прочтения.

Среди «скрытых текстов» прочтена затертая надпись, в которой говорится, что в 999 г. монах Исаакий был поставлен попом в Суздале в церкви святого Александра-армянина. По мнению А. А. Зализняка, монах Исаакий был автором Новгородского кодекса и принадлежал к еретическому религиозному направлению.

Вплоть по 2004 год А. А. Зализняк восстановил следующие «скрытые тексты»:

• множество псалмов, написанных по многу раз
• начало Апокалипсиса Иоанна Богослова
• начало перевода трактата «О девстве» Иоанна Златоуста (славянский перевод этого текста ещё не был известен)
• множество написаний азбуки, в двух вариантах: кратком (а б в г д е ж ѕ з и ї к л м н о п р с т ѹ ф х ц ч ш щ ѿ) и полном (а б в г д е ж ѕ з и ї к л м н о п р с т ѹ ф х ц ч ш щ ѿ ъ ѣ ѫ ѭ ю ia ѧ ѿ), а также с перечислением названий букв (азъ бѹкы вѣдѣ глаголи…)
• тетралогия «От язычества к Христу» (условное названия А. А. Зализняка): неизвестные до сих пор тексты «Закон Моисеев», «Размаряющие и размиряющие», «Архангел Гавриил», «Закон Иисуса Христа»
• фрагмент неизвестного текста «О скровенной церкви спасителя нашего Иисуса Христа в Лаодикии мирликийской и о Лаодикиской молитве господа нашего Иисуса Христа»
• фрагмент неизвестного текста «Сказание апостола Павла о тайном патерике Моисеевом…»
• фрагмент неизвестного текста «О прощении грехов наказание от Александра от рода лаодикийского…»
• фрагмент неизвестного текста «Духовное наставление от отца и от матери к сыну»
• запись «Въ лѣто ҂ѕ҃ф҃з҃ азъ мънихъ исаакии поставленъ попомъ въ сѹжъдали въ цръкъве свѧтаго александра арменина…» («В 6507 [то есть 999] году я, монах Исаакий, стал иеромонахом в Суздале, в церкви Св. Александра Армянина…»); сочетание ҂ѕ҃ф҃з҃ (число 6507) еще много раз повторяется на бортиках кодекса, так что можно предполагать, что писец и есть тот самый монах Исаакий, тем более, что в его языке не обнаруживается типично новгородских черт.

Наличие неизвестных до сих пор сочинений среди «скрытых текстов» Новгородского кодекса было объяснено тем, что писец принадлежал к христианской общине (возможно, дуалистической, близкой к богомильству), которую победившая христианская («кафолическая», «всеобщая», «соборная») церковь провозгласила еретической, так что эти тексты после вытеснения секты больше не переписывались, и христианская церковь стерла из исторической памяти почти все следы существования этой ереси. Особенно показателен фрагмент из «Духовного наставления от отца и от матери к сыну»:

…Миръ естъ градъ въ немъ же отълѫчаѭтъ отъ цръкъве еретикы.

Миръ естъ градъ въ немъ же отълѫчаѭтъ отъ цръкъве чловѣкы неразѹмъны.

Миръ естъ градъ въ немъ же отълѫчаѭтъ отъ цръкъве чловѣкы непокоривы.

Миръ естъ градъ въ немъ же отълѫчаѭтъ отъ цръкъве чловѣкы непорочъны.

Миръ естъ градъ въ немъ же отълѫчаѭтъ отъ цръкъве чловѣкы невиновъны.

Миръ естъ градъ въ немъ же отълѫчаѭтъ отъ цръкъве чловѣкы непрѣломъны.

Миръ естъ градъ въ немъ же отълѫчаѭтъ отъ цръкъве чловѣкы недостоины такоѩ кары.

Миръ естъ градъ въ немъ же отълѫчаѭтъ отъ цръкъве чловѣкы недостойны такого отълѫчения.

Миръ естъ градъ въ немъ же отълѫчаѭтъ отъ цръкъве чловѣкы прѣчистыѩ вѣры.

Миръ естъ градъ въ немъ же отълѫчаѭтъ отъ цръкъве чловѣкы достоины хвалы.

Миръ естъ градъ въ немъ же отълѫчаѭтъ отъ цръкъве чловѣкы достоины прославления.

Миръ естъ градъ въ немъ же отълѫчаѭтъ отъ цръкъве чловѣкы неотъстѫпъны отъ правыѩ вѣры х҃совы.…

Существует также версия (А. А. Алексеев), что эти «скрытые тексты» (или по крайней мере их часть) не связаны с серьёзной идеологией, а представляют собой литературную игру, образцы которой известны в западноевропейской монашеской культуре (joca monachorum). В этом случае речь должна идти об очень высоком уровне славянской книжной культуры, способной на такие игры.