Осталось невыясненным, ответил ли Кирхер на просьбу Бареша, но известно, что он хотел купить книгу, однако Бареш, вероятно, отказался её продать. После смерти Бареша книга перешла его другу — Johannes Marcus Marci, ректору Пражского университета. Марци предположительно отослал её Кирхеру, своему давнему другу. Его сопроводительное письмо 1666 года до сих пор прикреплено к рукописи. Среди прочего, в письме утверждается, что её первоначально купил за 600 дукатов император Священной Римской империи Рудольф II, который считал книгу работой Роджера Бэкона.

Дальнейшие 200 лет судьбы рукописи неизвестны, но наиболее вероятно, что она хранилась вместе с остальной перепиской Кирхера в библиотеке Римской коллегии (ныне Григорианский университет). Книга, вероятно, там и оставалась, пока войска Виктора Эммануила II не захватили город в 1870 году и не присоединили Папское государство к Итальянскому королевству. Новые итальянские власти решили конфисковать у Церкви большое количество имущества, в том числе и библиотеку. Согласно исследованиям Ксавьера Чеккальди (Xavier Ceccaldi) и других, перед этим множество книг из университетской библиотеки были спешно перенесены в библиотеки сотрудников университета, имущество которых не подлежало конфискации. Переписка Кирхера была среди этих книг, а также, очевидно, там была рукопись Войнича, так как в книге имеется экслибрис Петруса Бекса (Petrus Beckx), в то время главы иезуитского ордена и ректора университета.

Библиотека Бекса была перенесена на виллу Мондрагоне во Фраскати (villa Borghese di Mondragone a Frascati) — большой дворец близ Рима, приобретённый обществом иезуитов в 1866 году.

В 1912 году Римская коллегия нуждалась в средствах и решила в строжайшей тайне продать часть своей собственности. Разбирая на вилле Мондрагоне сундуки с книгами из собрания Кирхера, Вилфрид Войнич наткнулся на загадочный манускрипт. Всего он приобрёл у иезуитов 30 рукописей, в том числе и эту. После приобретения книги Войнич разослал её копии нескольким специалистам для расшифровки. В 1961 году, через год после смерти его жены, Этель Лилиан Войнич, книга была продана её наследницей Энн Нилл другому книготорговцу Hans P. Kraus. Не найдя покупателя, в 1969 году Краус преподнёс манускрипт в дар Йельскому университету.

Догадки об авторстве

Авторство манускрипта Войнича приписывается многим людям. Далее перечислено несколько распространённых догадок:

• Роджер Бэкон (1214—1294), францисканский монах.
• Джон Ди (1527—1609), математик и астролог при дворе королевы Елизаветы I.
• Иоганн Тритемий (1462-1516) и Парацельс (1493-1541)
• Эдвард Келли (1555—1597), алхимик, компаньон Джона Ди.
• Вилфрид Войнич (1865—1930), библиофил, антиквар и первооткрыватель рукописи.
• Якоб Хорчицки (1575—1622) (Jakub Hořčický, Jacobus Sinapius), врач, ботаник и фармацевт, личный врач Рудольфа II и смотритель его сада.
• Иоганн Маркус Марци (1595—1667) (Jan Marek Marci, Johannes Marcus Marci), богемский врач и учёный, ректор Пражского университета.
• Raphael Sobiehrd-Mnishovsky (1580—1644), богемский юрист и писатель, друг Иоганна Маркуса Марци.
• Anthony Ascham (astrologer) (примерно 1517—1559; его старший брат, Roger Ascham, родился в 1515 или 1516), астролог.
• Неизвестная группа разных авторов.

Все эти догадки (кроме последней) противоречат данным радиоуглеродного анализа, согласно которым книга написана между 1404 и 1438 годами. Роджер Бэкон умер более чем за 100 лет до начала этого периода, остальные фигуранты родились не ранее 1462 года.