В то же время Константин Симонидес (1820-1867), палеограф, фальсификатор и продавец древних рукописей, объявил в газете «The Guardian» (13 сентября 1862 года) о том, что открытый Тишендорфом кодекс принадлежит не к IV столетию, а к 1839 году и написан был самим Симонидесом в 19-летнем возрасте; он назвал эту работу «плохой поделкой своих юных лет». Симонидес утверждал, что основанием для него служило одно московское издание Библии, которое он сличал с афонскими рукописями. Тишендорф ответил в немецкой газете «Allgemeine Zeitung» 22 декабря 1862 года, что уже в одном Новом Завете во множестве мест Синайский кодекс существенно разнится от всех московских изданий и от всех остальных рукописей.

Генри Брэдшоу, в «The Guardian» (26 января 1863), поставил вопрос, как рукопись могла быть доставлена из монастыря в Афоне на Синай. Он также напомнил, что рукопись содержит Послание Варнавы, которого до сих пор не было в греческой рукописи.

Дальнейшая история рукописи

В начале XX века Владимир Бенешевич (1874—1938) обнаружил части трёх листов рукописи в составе других рукописных книг в библиотеке Синайского монастыря. Эти фрагменты были приобретены Российской империей и привезены в Санкт-Петербург, где хранятся по сей день.

В 1933 году Советская власть, посчитав христианскую реликвию обузой для атеистического государства, продала весь кодекс Британскому музею за 100 000 фунтов стерлингов. Продажа была осуществлена по личному распоряжению И. В. Сталина. Деньги на покупку англичане собрали за 1 день. В Санкт-Петербурге остались только фрагменты трёх листов кодекса, приобретённые Бенешевичем. В настоящее время кодекс разбит, его фрагменты находятся в Лейпциге (43 листа, приобретённые Тишендорфом в 1844 г.) и Лондоне (оставшиеся 347 листов, привезённые Тишендорфом в 1859 г. в Россию). Помимо того, что в своё время император Александр II отправил на Синай в знак благодарности 9000 рублей, современные монахи подняли вопрос о законности отчуждения памятника Тишендорфом. По их мнению, немецкий учёный, будучи представителем «пиратской археологии» XIX века, ввёл в заблуждение настоятеля монастыря. В подтверждение своей правоты они ссылаются на сохранившуюся расписку, в которой учёный обещает возвратить пергаменты в монастырь сразу после завершения их научного издания.

Скейт и Милн, сотрудники Британского музея, используя ультрафиолетовую лампу, очень внимательно рассмотрели поправки корректоров на находящихся с 1973 года в Британской библиотеке части манускрипта. В результате их работы была написана статья Scribes and Correctors of the Codex Sinaiticus.

В мае 1975 года при проведении ремонтных работ в монастыре Святой Екатерины была обнаружена комната с собранием рукописных книг. Среди них были найдены 14 фрагментов Синайского кодекса, а также 12 полных его листов: 11 листов Пятикнижия и 1 лист «Пастыря» Гермы. Вместе с ними были найдены и другие рукописи (среди них 67 греческих рукописей Нового Завета). 1 сентября 2009 года британский учёный Николас Саррис обнаружил новый, до сих пор неизвестный, фрагмент рукописи в библиотеке Синайского монастыря.

В 2005 году все четыре владельца листов кодекса заключили договор о том, что будет осуществлено высококачественное сканирование рукописи в целях размещения полного текста в сети Интернет. Первые цифровые фотографии были опубликованы 24 июля 2008 года и доступны всем желающим по адресу www.codex-sinaiticus.net. С 6 июля 2009 года тексты доступны полностью.

Особенности

Синайский кодекс написан на тонком пергаменте. Из всего текста Ветхого Завета осталось лишь 199 листа, тогда как сохранилось 148 листов Нового Завета. Изначально, вероятно, манускрипт состоял из 730 листов.

Размер каждой страницы составляет 38,1 на 33,7—35,6 см. Текст на листе расположен в четырёх колонках по 48 строк в каждой. Цвет текста — бледно-коричневый. Некоторые слова сокращены. В рукописи использованы следующие сокращения:
ΘΣ — θεός (Бог),
ΚΣ — κύριος (Господь),
ΙΣ — Ἰησοῦς (Иисус),
ΧΣ — Χριστός (Христос),
ΠΝΑ — πνεῦμα (дух),
ΠΝΙΚΟΣ — πνευματικός (духовный),
ΥΣ — υἱός (сын),
ΑΝΟΣ — ἄνθρωπος (человек),
ΟΥΟΣ — οὐρανός (небо),
ΔΑΔ — Δαυιδ (Давид),
ΙΛΗΜ — Ἰερουσαλήμ (Иерусалим),
ΙΣΡΛ — Ισραηλ (Израиль),
ΜΗΡ — μήτηρ (мать),
ΠΗΡ — πατήρ (отец),
ΣΩΡ — σωτήρ (Спаситель).

Слова текста написаны без межсловных пробелов и знаков переноса (в подавляющем большинстве древних манускриптов их нет). В качестве разделения используются только точки в конце предложений. Отсутствуют знаки ударения и придыхания. Цитаты текста из Ветхого Завета на письме не выделены. Разбиение Аммония и каноны Евсевия обозначены красным цветом и, возможно, добавлены были другим писцом. Весь текст написан греческим унциальным письмом.

Исследователи полагают, что над Синайским кодексом работали три писца (называемые A, B и D). Очевидно, в период с IV по XII век не менее чем 7 переписчиков вносило в текст коррективы (a, b, c, ca, cb, cc, e). Чтения, за вставку которых ответственны переписчики прежде, чем рукопись оставила скрипторий, в критическом аппарате обозначались как א^a. Позднее (возможно, в VI или VII в.) группа корректоров, работая в Кесарии, внесла в текст рукописи большое количество исправлений (א^ca, א^cb). По этим чтениям, можно судить о том, что текст пытались править по другому образцу. Тишендорф, исследуя имеющуюся на тот момент часть книги (2/3), заключил, что в текст было внесено порядка 14 800 исправлений.

Тишендорф верил, что Синайский кодекс входит в число пятидесяти рукописей Божественных Писаний, заказанных около 331 года императором Константином Евсевию Кесарийскому (De vita Constantini, IV, 37). С этим предположением согласились: Пиерре Батиффол, Скривенер и Скейт.