Во второй половине XVIII века число заключаемых в монастыри стало сокращаться. По ведомости 1786 г. в Соловецкой тюрьме содержались всего 16 заключённых. С последней четверти 18-го века основной контингент заточённых уже составляли «преступники по делам Веры»: старообрядцы разных толков (т. н. «лица, приверженные расколу»), скопцы, хлысты, субботники и другие.

• В 1776 г., после уничтожения Запорожской Сечи, в Соловецкий монастырь отправлен ее последний атаман Пётр Калнышевский, где он провёл около 26 лет в холодной камере размером 1 на 2 м. После помилования императором Александром Пётр Калнишевский в предположительном возрасте 110 лет, будучи практически слепым, не захотел возвращаться на родину и остался в монастыре, где скончался через 2 года (в 1803 году).
• В 1815 г. в монастырь был заключён агент наполеоновской разведки Август Турнель. В 1820 г. его перевели в Архангельск.
• В 1812 г. в тюрьму Соловецкого монастыря был помещён «приверженный к расколу» Семён Шубин. Он пробыл в заключении 63 года и, несмотря на увещевания монахов, не изменил своих взглядов. В 1874 г. в возрасте 88 лет его разбил паралич, и на следующий год он скончался.
• В 1818 г. в тюрьму был помещён скопец Антон Дмитриев, кастрировавший себя и своего помещика. Он пробыл в заточении 60 календарных лет. В 1878 г. он был помилован, но попросил власти не выдворять его из монастыря. Вплоть до самой смерти в 1880 г. он жил при монастыре в гостинице для паломников.
• В начале 1830 г. на основании секретного предписания А. Х. Бенкендорфа в Соловецкую тюрьму был помещён иеромонах Иероним. Официально его ни в чём не обвиняли, и было объявлено, что он выехал с паломнической миссией в Святую землю, в Иерусалим. Более двух лет он пробыл в соловецкой тюрьме, прозванной «Голгофская каланча». Преследование Иеронима властью было вызвано интригами «масонской партии» при императорском дворе, которая стремилась изолировать архимандрита Фотия, настоятеля Юрьевского монастыря. Благодаря заступничеству Фотия в 1832 г. Иероним был освобождён из заключения. Но, восхищённый красотой северной природы, он решил поселиться на Соловках, где прожил до своей смерти в 1847 г.
• В 1821 г. в Соловецкую тюрьму на 15 лет был заключён солдат Иван Кузнецов за пропаганду раскола среди солдат.
• В Соловецкую тюрьму из Красноярска был переведён декабрист Ф. П. Шаховской, после того как он заболел там психическим расстройством. Сюда же были посажены участники тайного общества, студенты московского университета Николай Попов и Михаил Критский, сочувствовавшие декабристам.

Последние узники

Режим в Соловецкой тюрьме был настолько суров, что в 1835 г. правительство назначило специальную ревизию этой тюрьмы, так как в обществе много говорили о бесчеловечных условиях содержания в ней узников. Проводивший ревизию жандармский полковник Озерецковский был вынужден признать, что узники Соловецкой тюрьмы несли наказание, значительно превышавшее их вины. В результате ревизии некоторые узники были освобождены, других из монастырской тюрьмы перевели в обычные кельи. Облегчение режима продолжалось, однако недолго. Камеры Соловецкой тюрьмы вскоре вновь заполнились узниками:

• Находившийся в ссылке в Петрозаводске студент Киевского университета Св. Владимира, член Кирилло-Мефодиевского братства Георгий Андрузский, после произведённого в марте 1850 года обыска, во время которого у него были изъяты «наброски конституции республики», был арестован и заключён в тюрьму Соловецкого монастыря, где находился до лета 1854 года. Губернатор Н. Е. Писарев доносил шефу жандармов графу А. Ф. Орлову: «Андрузский, как упорный малоросс, остался при тех же нелепых и преступных мыслях, которые обнаруживал в учреждённой в 1847 году под начальством Вашим комиссии, в которой я имел честь находиться».
• В 1857 г. за «противозаконные по расколу проступки» в тюрьму попал самарский мещанин Лазарь Шепелев. Он вскоре умер. В 1859 г. в Соловецкую тюрьму был заключён под строгий надзор капитан артиллерии Николай Ильин — основатель религиозной секты. Он провёл в монастырских тюрьмах 20 лет.
• В 1869 г. в эту же тюрьму посадили лидера секты прыгунов Максима Рудомёткина. Он пробыл в суровом одиночном заключении 9 лет, после чего был переведён в Суздальскую монастырскую тюрьму, где и скончался.
• В 1867—1881 гг. в тюрьме Соловецкого монастыря содержался Адриан Пушкин, который выдвинул самобытную концепцию объединения мировых церквей.
• В Соловецкой тюрьме содержались рабочие Яков Потапов и Матвей Григорьев, осуждённые на пять лет монастырской тюрьмы «для исправления их нравственности и утверждения в правилах христианского долга» за антиправительственную демонстрацию 6 декабря 1876 г. на Казанской площади в Петербурге.

Соловецкая тюрьма существовала до 1883 г., когда из неё были выведены последние узники, но караульные солдаты содержались в ней до 1886 г. После официального закрытия тюрьмы Соловецкий монастырь продолжал служить местом ссылки для провинившихся служителей церкви.