Впервые научный анализ доступных ему манускриптов был произведён первым исследователем «Тайной истории» Никколо Аламаннии, выводы которого были подвергнуты критике и дополнены на основании анализа большего количества рукописей Крашенинниковым. Важно отметить, что малое количество известных рукописей рассматривалось некоторыми учёными как аргумент в пользу теории о недостоверности «Тайной истории».

Латинские издания

Первое полное издание было подготовлено Мальтретусом (Claudius Maltretus) и издано в Париже в 1661 — 1663 и перепечатано в Венеции в 1729 году. Издание включало латинский перевод всех произведений Прокопия и стало основой «Corpus Scriptorum

Historiae Byzantinae» Karl Wilhelm Dindorf, выходившего в Бонне в 1833 — 1838.

К тому времени, когда в конце XIX века произведением занялся М. Н. Крашенинников, уже было издано несколько переводов на европейские языки. Однако по сравнению с этими изданиями, Крашенинников обнаружил и привлёк к своему исследованию в Ватиканской библиотеке новые рукописи.

Современные издания

В середине 1930-х годов В. Н. Бенешевич, узнав о возникшей у А. М. Горького идее издать книгу о положении женщины Византии, предложил подготовить и издать в соответствующей серии издательства «Academia» «Тайную историю». Проект был поддержан заведующим издательства, Львом Каменевым, был сформирован коллектив переводчиков в составе М. Е. Сергеенко и А. В. Болдырева, однако проект осуществлён не был. Первое советское издание вышло в 1939 году в переводе С. П. Кондратьева.

В последующие годы регулярно выходили новые издания «Тайной истории» на европейских языках, появлялись статьи и монографии. Новое издание на русском языке было выпущено только в 1993 году в переводе А. А. Чекаловой.

Подлинность

Постановка вопроса о подлинности «Тайной истории»

Публикация произведения стала вызовом для юристов, живших при европейских дворах. Француз Тривориус, англичанин Ривиус, немец Эйхель (Ioannes Eichelius) и другие напали сначала на личность и политическую тенденцию Алеманни, затем на изданный им памятник и на авторитет Прокопия. Юристы, отвергая обвинения «Тайной истории», как юридически не доказанные, объявили Прокопия язычником, не заслуживающим доверия. Тем не менее, пока «Тайная история» носила имя Прокопия, удар, нанесённый Алеманни, не был отражён. Разрешить противоречие, не нанеся ущерба для репутации Юстиниана и Прокопия, можно было только доказав её подложность. Вопрос о грубой мистификации не ставился, так как о существовании произведения было известно ранее. При этом не исключалось возможность того, что исходный текст подвергся интерполяциям — либо Алеманни, либо ещё в Византии.

Первоначальный анализ Эйхеля, хотя и выполненный на невысоком научном уровне, обозначил основные проблемы, возникающие при анализе подлинности произведения. Эйхель различает вопросы о том, написал ли Прокопий «Тайную историю» от другого: тот ли самый текст дошёл до нас и был издан Алеманни. На оба эти вопроса немецкий юрист был склонен дать скорее отрицательный ответ, воздерживаясь от окончательного суждения. Единственным обоснованием возможности положительного ответа на первый вопрос он видел в упоминании произведения в «Суде», аргументами против отсутствие осведомлённости о нём у более близких к Прокопию писателях, Евагрия и Зонары. При этом упоминание у Никифора Каллиста Эйхель считает малозначащим, так как Никифор называет произведение recantatio, что может относиться только к более позднему произведению «О постройках». Второй вопрос, о соответствии текста оригиналу, Эйхель выводит из того, что он не смог обнаружить в изданном Алеманни тексте цитаты, приведённой кардиналом Панчироли в его издании Notitia dignitatum. Также Эйхель счёл весьма лёгкой задачей подделать стиль автора по другим известным его произведениям, тем более, что стиль произведения, по сравнению с «Войнами», отличается беспорядочностью и легкомысленностью.