С избранием папой Льва XIII началась модернизация библиотеки: открылся читальный зал для печатных книг, основана лаборатория по реставрации манускриптов, были введены правила каталогизации манускриптов, которые действуют и по сей день. В 1891 году папа приобрёл коллекции графов Боргезе: около 300 свитков старой Авиньонской библиотеки, а в 1902 году за 525 тысяч франков архивы кардинала Франческо Барберини (Fondo Barberiniano): 10041 латинских, 595 греческих и 160 восточных рукописей вместе со старыми книжными полками; позднее Codices Reginæ, Capponiani, Urbinates, Ottoboniani (3394 латинских и 472 греческих манускрипта), собрание Сикстинской капеллы — Fondo della Capella Sistina (коллекция по истории музыки).

После Первой мировой войны были введены единые нормы каталогизации печатных изданий («Norme per il catalogo degli stampati»).

При папе Иоанне XXIII было приобретено несколько коллекций, в том числе итальянские рукописи из собрания Таммаро де Марини (Tammaro de Marini), коллекция драматических произведений на персидском языке и эфиопских манускриптов учёного Энрико Черулли (Cerulli Persiani и Cerulli Etiopici), а также Висконти и Маццукелли (Visconti, Mazzucchelli), в 1922 году — Россиана (Rossiana; по имени её хозяина, римского дворянина Джованни Франческо де Росси; 1195 манускриптов, 6 тысяч редких изданий, 2139 инкунабул).

В 1923 году к библиотеке была присоединена Библиотека Киджи (Biblioteca Chigiana; 33 тысяч единиц, собранных преимущественно Флавио Киджи из Сиены), в 1926 году — собрание Феррайоли (Fondo Ferraioli) (885 манускриптов и 100 тысяч автографов, всего более 40 тысяч единиц), в 1940 году — архив собора Святого Петра (Fondo Archivio del Capitolo di San Pietro) и последнее крупное собрание манускриптов, грамот и автографов итальянского историка Федерико Патетты (Fondo Patetta, содержащее в том числе рукописи по истории Пьемонта), в 1953 — архив княжеского семейства Роспильози.

Задачи Ватиканской библиотеки

Все основные функции и задачи библиотеки, описанные в булле «Ad decorem militantis Ecclesiae» папы Сикста IV от 15 июня 1475 года, продолжают действовать и в наше время:

В задачи и обязанности библиотеки входят:

• сохранение и охрана культурных ценностей;
• пополнение коллекции манускриптами, книгами и предметами путём покупки, обмена и дарения;
• исследовательская работа собраний и возможность научных публикаций;
• представление собрания учёным со всего мира и обновление технических средств.

Залы библиотеки

Первоначально залы библиотеки папы Николая V были украшены фресками Доменико Гирландайо, Мелоццо да Форли и Антониаццо Романо. С расширением фондов библиотека получила новое здание, построенное в 1587 году Доменико Фонтана. Из-за нехватки места двухэтажное здание было построено поперёк двора Бельведера, таким образом разрушив архитектурную композицию позднего Ренессанса работы Браманте.

Помещения библиотеки:

• Зал бракосочетания Альдобрандини (Sala delle Nozze Aldobrandine) появился в 1611 году при папе Пие V. В 1817 году помещение было отреставрировано для хранения медных гравюр, а в 1818 году в этот зал были перенесены античные фрески «Бракосочетание Альдобрандини» (эпохи Августа), возможно, изображающие свадьбу Александра Македонского и Роксаны. Название фрески, найденной в 1604 году на Эсквилинском холме, восходит к его первому владельцу — кардиналу Пьетро Альдобрандини и сюжету фрески, изображающему церемонию бракосочетания. В зале также представлены фрески (около IV до н. э.), изображающие сцены из «Одиссеи», потолок украшен фреской Гвидо Рени «Подвиги Самсона».
• Зал папирусов (Sala dei Papiri) (1774 год) — здесь при папе Клименте XIV хранились «равеннские папирусы» VI—IX веков. Росписи потолка работы Рафаэля Менгса изображают основание нового Музея Климента. В двух витринах зала экспонируются золотые кубки с изображениями светских, иудейских и христианских сцен.
• Зал Александра (Sala Alessandrina) — построен в 1690 году при папе Александре VIII, расписан в 1818 году Доменико де Анджелис (Domenico de Angelis). На фресках изображена история папы Пия VI, попавшего в плен Наполеона, сцены его ссылки и смерти в изгнании (1799 год).
• Залы Павла (Sale Paoline) — два зала, расписанные Джованни Батиста Риччи сценами понтификата папы Павла V.
• Сикстинские залы (Sale Sistine).
• Галерея Урбана VIII (Galleria di Urbano VIII) — служит для хранения Палатинской библиотеки. У окон галереи расположены астрономические инструменты.
• Музей сакрального искусства апостольской библиотеки (Museo sacro della Biblioteca Apostolica) — основан в 1756 году папой Бенедиктом XIV для размещения собрания раннехристианских артефактов: кубки, бронзовые и глиняные лампы, изделия из стекла и металла, икона святого Феодора (мозаика на воске, XII—XIII века).
• Музей светского искусства апостольской библиотеки (Museo Profano della Biblioteca Apostolica) — выставочный зал с различными римскими и этрусскими артефактами.
• Капелла Пия V (Capella di Pio V) — капелла расписана Якопо Цукки по эскизам Джорджо Вазари в 1566—1572 годах. В витрине выставлены ёмкости для хранения реликвий из капеллы Санкта-Санкторум из средневекового Латеранского дворца. Ценные сосуды, украшенные позолотой и драгоценными камнями, были перенесены в Ватикан в 1905 году, реликвии остались в новых сосудах на старом месте под алтарём капеллы святого Лаврентия. Особый интерес представляет золотой крест Пасхалия I, украшенный эмалью с изображением детства Христа, а также серебряный реликварий для хранения головы святой Пракседы, украшенный изображениями апостолов и рельефами (XI век, Византия).
• Галерея Климента (Galleria Clementina) — галерея, построенная при папе Клименте XII, при Пие VI поделена на 5 залов. Стены украшают фрески с изображением сцен понтификата Пия VII работы Д. Де Анджелис.
• Сикстинский салон (Salone Sistino) — зал в стиле маньеризма, спроектированный для хранения манускриптов и книг, 70 метров длиной и 15 шириной. Салон богато украшен фресками с изображением древних библиотек (в Александрии, Афинах, Риме) и их основателей (апостол Пётр изображён основывающим Ватиканскую библиотеку), сцен открытия новых алфавитов, вселенских соборов (до 1587 года) и современных видов римских памятников (например, старого Латеранского дворца и для сравнения, нового, строительство которого также связано с папой Сикстом V), при этом все изображённые персонажи и сцены снабжены подписями. Изображения зданий, обелисков и площадей точно переданы в деталях, на фресках сводов изображены гротески. Художники, выполнившие росписи зала, точно не известны, возможно, гротески расписывал Просперо Орси, над фресками работали Лилио, Риччи, Гуэрра, Неббия и другие художники. Сегодня в зале размещаются выставки библиотеки.
• Зал славословий папе Пию IX (Sala degli Indirizzi di Pio IX) — зал назван так по ранее располагавшимся там славословиям (indirizzi) в адрес папы. Сегодня в зале экспонируются ткани, в основном средневековые фрагменты из капеллы Санкта-Санкторум. Самый старый экспонат — льняная туника, датируемая III веком.
• Зал славословий (Sala degli Indirizzi) — сегодня в витринах зала хранятся римские и раннехристианские кубки, изделия из слоновой кости, эмали и металла: диптих из слоновой кости из Рамбоны, изображающий Богородицу на троне и распятие (около 900 года); статуи Христа на троне и 5 апостолов из позолоченной меди, покрытые эмалью и жемчугом (XIII век, некогда украшение алтаря старой церкви святого Петра).