В 2003 году компания выпускает дополнение «Завоевание Америки: В поисках Эльдорадо», а также гоночную аркаду «Hover Ace» и 3D-action «FireStarter». Также продолжается разработка шутера от первого лица «S.T.A.L.K.E.R.: Oblivion Lost» и находится издатель для него, им становится компания THQ. По её рекомендации название изменяют на окончательное — «S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl». Разработчики называют первую более точную дату релиза — середина 2004 года.

В 2004 году «GSC Game World» становится также издателем — «GSC World Publishing», и совместно с Ubisoft 20 ноября 2004 издает собственную разработанную стратегию «Александр», являющуюся официальной игрой по фильму Оливера Стоуна «Александр». Намеченный на этот год релиз «S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl» в июле 2004 года переносится компанией «THQ» на 2005 год в связи с переходом на новый рендер.

В 2005 году выходит продолжение популярной стратегии Казаки — «Казаки II: Наполеоновские Войны». Также в феврале 2005 года GSC вновь изменяет дату релиза «S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl» на неопределённый срок, продолжая его доработку.

В 2006 году компания выпускает дополнение «Казаки II: Битва за Европу» и новую игру в жанре стратегия в реальном времени/RPG «Герои уничтоженных империй». Также в начале этого года компанию покидает часть сотрудников, до этого работавших над проектом «S.T.A.L.K.E.R.»: в момент, когда арт-команда, работавшая над «S.T.A.L.K.E.R.», официально закончила работы по проекту, часть опытных художников ушла из компании и основала собственную компанию-разработчик компьютерных игр «4A Games», позднее к ним присоединилось ещё несколько сотрудников GSC, ушедших по мере окончания своих работ над проектом. В 2006 году начинается последняя стадия разработки «S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl»: оптимизация и бета-тестирование. Компанией делается заявление, что игра должна выйти в первом квартале 2007 года.

20 марта 2007 года игра «S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl» была официально выпущена. На 24 марта 2007 года проект «S.T.A.L.K.E.R.» занимал восьмую позицию в чарте продаж для различных платформ, и первое — среди игр для РС по рейтингу британской организации ELSPA. Уже через год, на 12 февраля 2008 года, была предоставлена информация о тираже игры: 950 тысяч копий на территории СНГ и 700 тысяч на Западе, что сделало игру самым успешным проектом компании «GSC Game World» на тот момент. Одновременно с выпуском игры начинается выпуск книжной серии «S.T.A.L.K.E.R.», которая тоже становится довольно популярной, а позже также выпуск аксессуаров и линии одежды в стиле «S.T.A.L.K.E.R.». Компанией начинаются переговоры с телекомпаниями по поводу выпуска сериала по мотивам игры.

Успех игры «S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl» во всем мире подталкивает компанию к разработке продолжения. Им становится разрабатываемое дополнение «S.T.A.L.K.E.R.: Чистое небо», которое является приквелом игры «S.T.A.L.K.E.R.: Тень Чернобыля» и выходит 22 августа 2008 года.

2 октября 2009 года выходит второе дополнение к серии «S.T.A.L.K.E.R.», являющееся сиквелом оригинальной игры — «S.T.A.L.K.E.R.: Зов Припяти». Также, ещё до релиза игры, генеральный директор «GSC Game World» Сергей Григорович объявляет о планах о создании продолжения популярной серии.

13 августа 2010 года компания GSC Game World официально объявляет о начале разработки проекта «S.T.A.L.K.E.R. 2», который станет продолжением серии игр о Чернобыльской Зоне. Заявляется, что игра будет работать на новом кроссплатформенном движке. Выход игры намечался на 2012 год.