В мае 1966 года «Луч» утвердил заявку на сценарий Нусинова и Лунгина «Святой старец Гришка Распутин» («Мессия»). В августе на худсовете он обсуждался под новым названием — «Антихрист» — и представлял собой фарс. По словам Климова: «Фильм задумывался в фарсовом ключе. Причем у нас были сразу как бы два Распутина. Один — подлинный, поданный как бы в реалистическом ключе. Другой — Распутин фольклорный, Распутин легендарный. Образ этого фольклорного Распутина складывался из самых невероятных слухов и легенд, анекдотов, которые в свое время ходили про Распутина в народе. Тут все было преувеличено, шаржировано, гротескно».

30 августа 1966 года сценарий был представлен на утверждение в Главную сценарно-редакционную коллегию (ГСРК).

Комитет по кинематографии сценарий не утвердил, мотивируя это тем, что в нём слишком много «клубнички», что «нельзя бить царизм по альковной линии» и что недопустимо показывать Распутина «в богатырских тонах», «чуть ли не как Пугачёва», — и фильм был закрыт.

Осенью 1967 года в комитет был представлен новый, переработанный вариант сценария под окончательным названием «Агония». Фильм во второй раз был запущен в производство. Однако через десять дней опять был закрыт.

В 1971 году вышел голлувудский фильм «Николай и Александра», что подтолкнуло советских идеологов снять свой «контропропагандистский» фильм по «царской» теме и побыстрее выпустить его в прокат. Нам представляется, – что этот фильм может стать ответом махровым антисоветчикам, сделавшим немало и в литературе, и в кино для реабилитации царизма и извращения подлинной истории.

В третий раз фильм начал сниматься в 1973 году по разрешению нового начальника Госкино Ф. Ермаша. Во время съемок фильм удлинился и стал двухсерийным. Съёмки закончились в 1974 году, а в чистовой редакции фильм был готов в 1975 году.

Однако к прокату фильм допущен не был и в 1978 году был возвращён Климову на доработку.

В 1981 году «Агония» была продана за рубеж, показана во Франции, США, других странах. На кинофестивале в Венеции картина получила приз ФИПРЕССИ (1982) и Гран-при «Золотой орёл» — во Франции (1985).

На советском экране «Агония» появилась лишь весной 1985 года.

Расхождение с фактами

• В начале фильма закадровый голос называет Российскую империю «крупнейшей монархией мира». Это не совсем точно, так как в 1916 году (время действия фильма) Британская империя превосходила Россию и по площади, и по населению.
• В фильме утверждается, что потери России в русско-японской войне составили «более 400 тысяч человек». На самом деле суммарные потери России были несколько более 250 тысяч человек (из них убитыми и умершими — около 80 тысячРоссия и СССР в войнах ХХ века: Потери Вооружённых Сил. — М.: ОЛМА-ПРЕСС, 2001. — С. 58.).
• Распутин в исполнении Петренко — пышущий здоровьем «великан», вселяющий трепет в окружающих одним своим огромным видом. В действительности, по воспоминаниям современников, Распутин был «росту ниже среднего», скорее тщедушного телосложения, с измождённым лицом и не обладал большой физической силой. То же можно сказать и об Алисе Фрейндлих в роли Вырубовой: фотографии свидетельствуют о её плотном сложении.
• На протяжении всего фильма Анна Вырубова расхаживает размашистой величавой походкой, а один раз даже возит в кресле-каталке императрицу, лишь один раз жалуется Распутину на боль. На самом деле, в 1916 году Вырубову саму возили на кресле-каталке, а самостоятельно она могла передвигаться лишь на костылях, так как за год до этого, в 1915 году, попала в крупную железнодорожную аварию, где получила увечья такой тяжести, что все ожидали её скорой смерти. Она выжила, но до конца жизни проходила на костылях и с палочкой. by Lily Dehn.Рассулин Ю. Ю. Верная Богу, Царю и Отечеству. — : Царское Дело, 2005.
• Эпизод, когда церковники заманили Распутина для «покаяния», а затем избили, имел место за пять лет до времени действия фильма — в 1911 году.
• В фильме показывается, как знаменитая минеральная вода «Кувака» черпается из какой-то сомнительной ямы человеком в противогазе. Будучи налитой в стеклянный стакан, вода показывается явно мутной и имеющей отталкивающий запах. Однако в 1915 году горный инженер А. И. Дрейер описывал эту воду в самых восторженных фразах: «Вода Кувака „Гремучий родник“ не только превосходна в физическом отношении, но безупречна в химическом, санитарном и во всех других отношениях, являясь водой кристаллически прозрачной, абсолютно бесцветной, без малейшего запаха, с приятным освежающим вкусом, лишённой каких-либо бактерий и с минимальным, для лучших питьевых вод, минеральным составом». В фильме также показывается, что вода добывалась где-то в пригороде Петрограда, хотя на самом деле — в пензенском имении В. Н. Воейкова.
• В конце фильма показывается могильная яма, залитая мутной водой. Когда гроб с Распутиным опускают в эту могилу, то раздаётся громкий всплеск. На самом деле Распутина хоронили посреди морозной зимы — в конце декабря (начале января по новому стилю) — и, судя по дневниковой записи Николая II, тем днём стоял мороз 12 градусов. Ночью же и утром (время похорон) мороз, как правило, ещё крепче, чем днём. В такой мороз в могиле не могло оказаться воды, да ещё в таких количествах.
• В сцене похорон Распутина явно виден цесаревич Алексей со своим «дядькой». Однако, по воспоминаниям очевидцев, наследника престола на похоронах не былоВоейков В. Н. С царём и без царя. Воспоминания последнего дворцового коменданта государя императора Николая II. — Гельсингфорс, 1936..