Евангелион-00

• В сериале, Ева-00 использовала щит, являвшийся ранее носовой частью шаттла. Теперь применяется «エヴァンゲリオン専用単独防御兵装 ENCHANTED SHIELD OF VIRTUE» («одиночная военная защитная экипировка для персонального/эксклюзивного использования Евангелионом, „ENCHANTED SHIELD OF VIRTUE“», название появляется в версии 1.01) и, предположительно, щит разработан специально для Евы.

Ангелы

Все показанные в фильме Ангелы взрываются при уничтожении и распадаются в LCL. Помимо кровавого дождя, проливающегося во время убийства Ангела, вокруг плещется кровавое море, в сериале кровавым было только море в Антарктике. После появления шестого Ангела, Гэндо говорит, что осталось ещё восемь.

Второй Ангел, Лилит

• Покоящийся в конечной Догме, подземелье штаба Nerv, на уровне EEE белый великан. В сериале её природу скрывали почти до самого конца, но в новой версии её с самого начала представляют как второго Ангела «Лилит» (часть финала сериала строилась на предположении, что это Адам). Как и раньше, правду о Лилит«Источник жизни на Земле и элемент, необходимый для её прекращения», Синдзи узнает от Мисато.
• Выглядит почти так же как и в сериале, но маска теперь похожа на лицо четвёртого Ангела. На груди шрамы и раны. Помимо Копья Лонгиния в неё воткнуто множество крестов.
• Добавлена сцена, в которой сообщается о готовности к самоуничтожению комплекса, в случае проникновения Ангелов к Лилит.

Четвёртый Ангел, Сакиил

• Третий ангел из сериала.
• Внешность и способности остались без изменений. Бой с ним идет примерно как и в сериале. Однако, сцена ловли ракеты рукой и использование лучевой атаки были вырезаны.
• Была добавлена сцена защиты AT-полем от бомбардировки, проводимой войсками ООН и «полёта на АТ-поле».
• Этого Ангела рисовали без применения 3D-графики.

Пятый Ангел, Самусиил

• Четвёртый ангел сериала.
• Рисовался, в основном, с использованием 3D-графики, выглядит как аналог из сериала.
• История боя не изменилась. После разрушения ядра прогрессивным ножом разрушается всё кроме остатков двух щупалец. Поэтому отсутствует сцена, в которой Рицуко анализирует остатки Ангела и указывает на схожесть рисунка их спектральной гаммы с генами человека. Однако, сцена распознания голубого спектра сохранена.

Шестой Ангел, Рамиил

• Пятый ангел сериала.
• Базовая форма октаэдра выглядит так же как и в сериале. Все его тело напоминает кристалл. Нарисован с использованием 3D-графики.
• В отличие от сериала при атаках и попаданиях по нему изменяется в различные геометрические фигуры, которые в некоторой степени центрально симметричны, при этом в его центре видно ядро.
• Как и в сериале, Ангел пытается пробиться к Геофронту. Но теперь нижняя часть октаэдра преобразуется в буроподобный отросток и начинает «стекать» вглубь земли.
• По сравнению с сериалом, видимая сила атак была увеличена. Был увеличен набор используемых Ангелом атак. При первой атаке на Еву-01, она была закрыта от луча Ангела защитной стеной, но усиленная повторная атака уничтожила её.
• Еву-01, в отличие от сериала, не удается эвакуировать базовым лифтом, тогда Мисато командует отстрелить крепёжные заглушки всего квартала.
• Операция «Ясима» отличается от сериальной. Ангел уничтожает ракеты, запущенные в него в качестве отвлекающего маневра, пустив свой луч по кругу. После первого прицельного выстрела из позитронной пушки все его «тело» идет шипами и брызжет LCL. Дальнейший бой проходит аналогично сериалу.
• После битвы Синдзи извлекает капсулу с Рэй из поврежденной Евы-00 прогрессивным ножом, а не вручную.