Репутация дона помогает ему сбить квартплату для бедной подруги его жены у местного рантье синьора Роберто. Вито с маленькими сыновьями и женой посещает Сицилию, где благодарит родственников за своё спасение и мстит престарелому Дону Чичо. Во время убийства Чичо Вито помогает его друг Томазино (который впоследствии поможет Корлеоне ещё раз — именно у него прятался сын Вито Майкл в первой части саги). Наконец Вито возвращается в Америку.

1950-е. Семья Корлеоне празднует первое причастие сына дона Энтони Вито Корлеоне на берегу озера Тахо, штат Невада. Майкл видит неспособность старшего брата Фредо справиться с собственной женой, встречается с мафиози Фрэнки Пентенджели — старым другом дона Вито, скорбящем по покойному Питу Клеменца, под началом которого он работал. Фрэнки жаждет расправиться с некими братьями Розатто, которые сильно мешают бизнесу семьи Корлеоне в Нью-Йорке, и просит у Майкла разрешения, но сталкивается с отказом. Есть и более серьёзная проблема — местный сенатор Пэт Гири пытается свернуть игорный бизнес Корлеоне, пытаясь управлять Майклом, как марионеткой, однако тот, следуя завещанию отца, сам становится кукловодом, дёргающим за ниточки, и шантажом заставляет сенатора отступить.

На Майкла совершается покушение, в котором чуть не погибает его жена Кей, уже не верящая в то, что бизнес семьи Корлеоне когда-то выйдет из криминальной сферы и станет полностью легальным. В клане Корлеоне завёлся предатель, и Майкл решает на время исчезнуть. Он едет в Майами, где встречается с пожилым еврейским мафиози Хайманом Ротом. Вместе с ним он пытается организовать туристический бизнес в столице Кубы Гаване. Однако не всё так просто. Рот называет Майкла своим преемником, надеясь вскоре вывести его из игры. Однако молодой дон прекрасно понимает это и организовывает покушение на Рота, которое срывается, чему поспособствовало предательство Фредо.

Во время революции на Кубе Майкл Корлеоне сбегает домой, где его ждут неутешительные новости. У жены случился выкидыш, оказавшийся сознательным абортом, Фредо удачно сбежал из Гаваны и боится вернуться домой, а Фрэнки Пентенджели продаётся ФБР, думая, что дон приказал братьям Розатто убить его, хотя это было не так. Кей со скандалом покидает Майкла, отказываясь быть женой босса мафии. Детей — сына и дочь — Майкл оставляет себе. При встрече с Фредо он отрекается от своего старшего брата из-за предательства, но отпускает его, боясь травмировать мать, которая вскоре умирает. Перед Кей, пришедшей навестить детей, он, не дрогнув, закрывает дверь, а Фредо, пришедшего попрощаться с матерью, он якобы прощает, но затем приказывает его убить.

Фрэнк Пентенджели собирается давать показания, но Майкл приводит на допрос его старшего брата, приехавшего из Италии. Увидев брата в зале суда, Фрэнки отказывается от своих показаний, чем срывает громкий судебный процесс над семьёй Корлеоне и по совету консильери семьи Корлеоне Тома Хагена перерезает себе вены, подобно древнеримским патрициям, зная, что о его семье позаботятся, и понимая, что его предательство было неоправданным. Хайман Рот погибает от рук капореджиме клана Корлеоне Рокко Лампоне, который сам будет застрелен во время покушения. Майкл остаётся главой семьи.

На похоронах матери Констанция, сестра Майкла, уговаривает его разрешить ей жить рядом с ним. Она наконец-то находит себя в любви к своему брату.