Майкл возвращается в Нью-Йорк. Дон Вито разгадывает замыслы врагов и говорит, что после его смерти Барзини вызовет Майкла на встречу, во время которой Майкла убьют. Человек, который передаст предложение — предатель. Вито также говорит, что никогда не желал для Майкла судьбы главы семьи, а хотел, чтобы его младший сын занимался законной политикой в качестве, например, сенатора или губернатора. Майкл заверяет отца, что выполнит какой-то план (который видимо они разработали вдвоём). Вскоре дон умирает от сердечного приступа во время игры в саду со своим внуком Энтони. На похоронах Тессио передаёт Майклу предложение о встрече от Барзини — предсказания Вито сбываются.

Теперь клан Корлеоне более не связан словом, которое дал Вито главам четырёх семейств. Настаёт время платить по счетам…

Майкл соглашается быть крёстным отцом сына Карло и Конни. Во время церемонии крещения его люди уничтожают всех до единого главарей четырёх враждебных семейств:

• Дон Кунео расстрелян в проёме двери руками Вилли Чиччи.
• Дон Страччи застрелен Клеменца в лифте.
• Дон Татталья застрелен Рокко Лампоне в постели вместе с проституткой.
• Дон Барзини застрелен Альбертом Нери, который для этого надел свою старую полицейскую форму.
• Мо Грин также застрелен убийцей во время сеанса массажа.

Тессио понимает, что заговор раскрыт. Он говорит Хэгену, что его поступок — это «всего лишь бизнес», робко просит о прощении, понимая, что это бесполезно. Тессио уезжает с людьми Майкла навстречу своей смерти. Майкл обещает Карло, что если тот признается в соучастии в убийстве Сонни, он не будет мстить мужу своей сестры и отцу крёстника. Карло верит Майклу и во всём признаётся. Майкл даёт Карло билет на самолёт до Лас-Вегаса. Карло садится в машину, чтобы ехать в аэропорт, где погибает от удавки Клеменца.

Конни во всеуслышание обвиняет Майкла в убийстве мужа. Кей начинает расспрашивать его относительно смерти Карло, но Майкл отказывается ей отвечать. Она настаивает и тогда он уверяет её, что не имеет к смерти зятя никакого отношения. Кей, поверив ему, успокаивается.

Фильм заканчивается тем, что Кей, только что заверенная мужем в непричастности последнего к смерти Карло и других, видит через дверной проём кабинета, как Клеменца целует руку Майкла, приветствуя его, как нового дона… Кей понимает, что все сказанное ей Майклом — ложь. Дверь в кабинет закрывается, и закрывается между Кей и Майклом…

Отличия от романа

Одним из основных отличий романа от фильма является ретроспектива ранней жизни Дона Корлеоне, включающая в себя обстоятельства его эмиграции в Америку, описание жизни его семьи, убийство Дона Фануччи, развитие карьеры в мире мафии. Всё это было использовано позже в продолжении к первой части «Крёстный отец 2».

Также при экранизации было вырезано много эпизодов из жизни других героев. Например, в фильме не были показаны неудачи Джонни Фонтэйна с женщинами и его проблемы с голосом; история любовной связи Сантино и Люси Манчини, а также его уличные хулиганства, совершаемые в подростковом возрасте; полностью отсутствует линия доктора Джулиуса Сегала, который восстановил лицевые кости Майкла, повреждённые ударом МакКласки, и голос Фонтейна; наличие склонности к педофилии у Джека Вольца.

Фильм начинается сценой, где гробовщик Америго Бонасера ищет справедливости у Дона. За помощью далее приходит пекарь Назорин, затем Лука Брази и Джонни Фонтейн. В книге же порядок следующий: пекарь, Лука, гробовщик, Фонтейн.