Нео, Морфеус и Тринити приходят к Меровингену, который отказывается отдать им Мастера Ключей. Однако его жена Персефона в наказание мужу за измену помогает им в обмен на поцелуй Нео. Они получают Мастера Ключей. Но неожиданно приходит Меровинген с несколькими охранниками. Морфеус, Тринити и Мастер Ключей убегают, а Нео остаётся, чтобы сразиться с людьми Меровингена. С помощью холодного оружия он легко с ними расправляется, но оказывается в замке за 500 миль от города.

В это время Тринити и Морфеус сражаются с Близнецами, которые обладают возможностью превращаться в призраков. Тринити крадёт машину, и они вместе с Мастером Ключей выезжают в город. Начинается большая погоня по шоссе, в ходе которой появляются Агенты. Морфеус убивает Близнецов, взорвав их в машине. Тринити в это время пытается уехать с автострады на мотоцикле. Морфеус забирает Мастера Ключей на крышу грузовика, где вынужден сражаться с Агентом. Агенты сталкивают этот грузовик с другим, пытаясь убить и Морфеуса, и Мастера Ключей. Но в последний момент их спасает Нео, поймав в воздухе.

Мастер Ключей рассказывает, что Источник находится в небоскрёбе на секретном этаже. Чтобы туда проникнуть, нужно отключить электричество в 27 кварталах города, после чего у Нео будет всего 314 секунд, чтобы добраться до нужной двери. В помощь Морфеусу прибывают ещё два капитана с командой, которые готовы помочь ему в осуществлении этого безумного плана. Нео просит Тринити остаться, боясь исполнения своих видений.

Во время проведения операции команда одного из кораблей погибает, не отключив электричество, что может привести к неминуемой гибели Нео. Тринити вопреки своему обещанию входит в Матрицу и отключает электричество в нужных кварталах. Нео добирается до нужной двери. Мастер Ключей смертельно ранен Смитом, пробравшимся в коридор программных ошибок, но он успевает отдать Нео ключ от Источника и указать Морфеусу дверь, через которую он сможет покинуть мир Матрицы.

Нео входит в Источник и встречает Архитектора, создателя Матрицы. Архитектор сообщает Нео, что пророчество — фикция, сделанная лишь для того, чтобы спасти вид людей от гибели. Роботы уничтожали Зион уже пять раз. Задачей Избранного был отбор нескольких людей для продолжения рода и перезагрузки Матрицы. Нео узнаёт, что Тринити вступает в схватку с агентом, из которой она не выйдет живой. Архитектор предлагает Нео выбор: или он смиряется с гибелью Тринити и перезагружает Матрицу, спасая тем самым людской вид, или он спасает Тринити, но обрекает людей на уничтожение. Нео решает спасти Тринити.

На «Навуходоносоре» Нео рассказывает всё Морфеусу, который понимает, что всё, во что он верил, было ложью. В это время на корабль нападают Охотники. Команде приходится бежать с корабля, наблюдая его уничтожение. Неожиданно Нео начинает чувствовать охотников и уничтожает их силой мысли, но сам теряет сознание.

Морфеуса и его команду находит корабль «Хаммер», от капитана которого они узнают, что атака на армию машин, спланированная командором Локом, провалилась, и что команде корабля «Хаммер» удалось найти на поле битвы только одного выжившего. Им оказался тот самый Бэйн, в которого вселился Смит.

Продолжение следует в «Матрице: Революции».

Реакция

«Перезагрузка» собрала 24.5 миллиона долларов в первый же день в США — новый рекорд, поставленный ранее «Человеком-пауком». Всего фильм собрал 281 миллион долларов в США и 457 миллионов долларов в мире.