В это время в Зионе разыгрывается жестокая битва с добравшимися до города машинами. Множество воинов погибает. Вскоре командир узнаёт о том, что к Зиону стремится «Хаммер», чей электромагнитный излучатель может вывести из строя нападающие на город машины. Капитан Мифуна пытается добраться до ворот, но машины убивают его. Перед смертью он передаёт своё задание юноше, который успевает открыть ворота. «Хаммер» влетает в Зион и выводит из строя машины электромагнитным импульсом. Однако командование людей понимает, что это ещё не победа — к Зиону всё ещё стремятся тысячи машин. Люди прячутся в пещере и готовятся к последней битве.

Рядом с Главным Компьютером Нео и Тринити атакованы охотниками. Нео пытается уничтожить их, используя свои способности, но машин слишком много. «Логос» врезается в сооружение рядом с Главным Компьютером. Когда Нео приходит в себя, Тринити умирает у него на руках. Нео идёт к Источнику.

Нео встречается с Главным Компьютером и предлагает договор: если он побеждает Смита, заполонившего Матрицу, машины прекращают войну с людьми. Главный Компьютер соглашается. В это время вторая волна охотников атакует Зион, надежды у людей больше нет. Но Морфеус верит в Нео.

С помощью Главного Компьютера Нео оказывается в Матрице, заполненной клонами Смита. Он вступает в бой со Смитом-Пифией. Начинается смертельная битва на земле и в воздухе. Оба героя равны по силам. В ходе битвы Смит сверхсилой сбрасывает Нео на землю, в результате чего образуется огромный кратер. Однако Избранный жив и продолжает борьбу. Наконец, Нео понимает, что ему не победить, и чтобы уничтожить Смита, нужно чтобы тот превратил его в одного из своих клонов, тем самым уничтожив причину своего возникновения (как противовеса "системной аномалии"-Избранному-созданного Системой). Он перестает сражаться. Смит превращает Нео в своего очередного клона и торжествует, веря в свою победу. Но тут Нео-Смит начинает раскалываться и светиться, пока не взрывается. Со Смитами по всему городу начинает происходить то же самое. Таким образом, программа Смит полностью удаляется из Матрицы.

Когда все Смиты взрываются, Матрица перезагружается. Охотники, нападающие на Зион, прекращают атаку и улетают. Морфеус понимает, что Нео спас их. Тело Нео, принесшего себя в жертву ради жизни людей, увозят.

Архитектор встречается с Пифией и говорит ей, что её игра с системой была очень опасной. Она отвечает ему, что сделала это ради изменений, и спрашивает Архитектора, что будет с людьми, подключёнными к Матрице. Он отвечает, что любой, кто захочет выйти из Матрицы, получит такую возможность, а на странный для Архитектора вопрос, который задаёт Пифия — «Вы даёте слово?», она слышит в ответ: «Кто я, по-вашему, человек?»

Сераф и Сати встречаются с Пифией, и Сати создаёт красочный восход в честь Нео. Сати спрашивает у Оракула, увидит ли она снова Нео, на что та отвечает: «Я думаю, что да. Однажды». Сераф спрашивает у Пифии: «Вы знали, что всё закончится именно так?», а она отвечает: «Ну что ты? Конечно, нет. Просто верила в это. Верила я в это».

Награды

Интересно, что Дон Дэвис является единственным, кто получил премию («BMI Film Music Award») во всех трёх частях «Матрицы» (В категории «Лучшая музыка к фильму»). Также Киану Ривз получил премию «World Stunt Awards» в 2004 году за исполнение трюков в этом фильме (как и за фильм «Матрица: Перезагрузка»).

Фильм получил 1 премию и 17 номинаций, а также 1 номинацию на антипремию «Золотая малина»: