В приёмном зале друзья обнаруживают, что, кроме них, до острова добрались ещё три тренера. Служанка говорит, что только сильнейшие тренеры имеют право увидеть «Мастера покемонов» — шторм был своего рода испытанием. Затем она просит героев выпустить своих покемонов. Эш выпускает Бульбазавра и Сквиртла, Брок — Вульпикса, а Мисти — Псидака. Вдруг перед тренерами появляется Мьюту и объявляет, что он и есть тот самый «Мастер покемонов». Служанка падает без сознания: как выясняется, это сестра Джой, которую похитил Мьюту, так как ему были нужны её знания о биологии покемонов. Мьюту также говорит, что он хочет уничтожить всё человечество и покемонов заодно. Эш бросает ему вызов, Мьюту его принимает. Появляются Чаризард, Венузавр и Бластойз: Мьюту объясняет, что это генетически модифицированные клоны покемонов, называемые «суперклонами». Два тренера выставляют своих Венузавра и Бластойза, Эш использует своего Чаризарда. Начинается битва между клонированными покемонами и покемонами тренеров, в которой последние проигрывают. После своей Мьюту забирает всех покемонов тренеров в свои покеболы, чтобы создать новых клонов. Последним он забирает Пикачу. Покеболы улетают в длинную шахту, куда спрыгивает Эш, надеясь спасти своих покемонов.

Тем временем Команда R проникает в лабораторию во дворце и узнаёт о происхождении Мьюту, выясняется также, что Новый остров — это тот же самый остров, где стояла лаборатория, где учёные создали Мьюту. Когда Джесси случайна нажимает на кнопку, манипулятор хватает Мяута и забирает у него несколько волосков, в гигантской пробирке появляется клон Мяута. Покеболы из шахты попадают на фабрику клонов, в пробирках появляются новые клоны покемонов. Вдруг вылезает Эш, который вытаскивает из машины покебол с Пикачу, а затем с другими покемонами. Попутно он ломает машину для клонирования, и все клоны появляются в ускоренном режиме и выходят в зал, где остались остальные тренеры. Мьюту показывает тренерам своих суперклонов и говорит, что только они достойны жить. Тут в зале появляется Эш с покемонами-оригиналами и говорит, что не позволит Мьюту уничтожить мир. Эш бросается на Мьюту с кулаками, но Мьюту отбрасывает его с помощью телекинеза. Эша спасает Мью, тот самый покемон, из ДНК которого создали Мьюту.

Начинается битва между обычными покемонами и суперклонами. Мьюту блокирует особые способности покемонов, и те просто дерутся, а сам сражается с Мью. Эш понимает, что это не просто битва покемонов — это самое настоящее побоище, и решает остановить битву. Когда Мьюту и Мью стреляют друг в друга лучами, Эш бросается под лучи, в смелой, но отчаянной попытке остановить битву. Лучи попадают в Эша, и он превращается в камень. Пикачу подбегает к окаменевшему телу Эша и несколько раз бьёт его молнией, чтобы тот очнулся, но Эш продолжает лежать неподвижно. Тогда все покемоны, находящиеся в зале, начинают оплакивать Эша. Их слёзы возвращают его к жизни, что до глубины души поражает Мьюту. Тот понимает, что грубая сила и особые способности, которых больше у суперклонов, вовсе не главное — истинная сила живых существ заключена в силе их духа. Мьюту улетает вместе с Мью и суперклонами искать свой смысл жизни, а сам стирает память о произошедшем у всех покемонов и тренеров, говоря, что это ради их же блага.

Эш и его друзья снова оказываются в порту, не понимая, как они здесь оказались. Вдруг Эш замечает Мью, летящего в небесах, и рассказывает Мисти и Броку о том, как он увидел легендарного покемона в первый день своего путешествия.