Во время похорон Логан знакомится с Сингэном (Хироюки Санада), сыном Ясиды и отцом Марико, а также с её будущим женихом Нобуро Мори (Брайан Ти), который занимает пост министра юстиции.

Церемония прерывается, когда Марико пытаются похитить бойцы японской организованной преступной группировки — якудза. Логан и Юкио расправляются с якудза, а с крыши их прикрывает таинственный ниндзя с луком.

Росомаха понимает, что должен защищать жизнь Марико и следует за ней. На скоростном поезде Синкансэн пара отправляется на юг Японии, где у семьи Ясида имеется дом на море. В поезде Логан понимает, что его раны не заживают. После драки с четырьмя якудза (в том числе на крыше поезда) Логан сильно ослабевает.

В Фукуяме пара останавливается в отеле для «влюбленных», в космическом номере, правда, Логан не спит, а всю ночь охраняет покой Марико на балконе. В городе пару разыскивают доктор Виктория Грин и таинственный ниндзя. Выясняется, что доктор Грин на самом деле мутант, Гадюка, способная отравлять людей своим ядом.

Меж тем, ослабевший Логан теряет сознание. Марико спасает его, отведя к племяннику хозяйки отеля, студенту-ветеринару, который вытаскивает из тела Логана пули и перевязывает его раны. Из Фукуямы пара отправляется в дом, в окрестностях Нагасаки, где Логан спас Ясиду.

В доме на море Марико объясняет Логану смысл происходящего. Оказывается, дед завещал огромную компанию Yashida ей, а не её отцу Сингэну. Марико рассказывает Логану о таинственном лучнике на крыше. Это был Кенутиё Харада (Уилл Юн Ли), предводитель клана ниндзя, которые издавна служили дому Ясида, а также бывший возлюбленный Марико. Марико признаётся в том, что не любит своего нынешнего жениха, но выйдет за него замуж, чтобы не нарушать волю отца, который хочет войти в большую политику. Меж тем, притяжение к Логану оказывается сильнее обязательств: Марико и Логан влюблены друг в друга и вместе проводят ночь.

Наутро Логан обнаруживает, что его любимую похитили якудза. Убив одного из нападающих, Логан не в силах остановить других, поскольку лишился способности к регенерации. Подоспевшая на место событий Юкио везёт Логана обратно в Токио, но просит Логана беречь себя. Она говорит, что видела как тот умрёт, держа в руках своё сердце.

Логан с Юкио наведываются к жениху Марико, который в отсутствии невесты не теряет времени даром и весело проводит время с девицами лёгкого поведения. Нобуро Мори рассказал Росомахе о том, что Ясида потратил целое состояние, едва не разорив свою компанию, выискивая адамантий и все, что могло бы вывести на Логана, так как после Нагасаки Ясида был одержим идеей «исцеляющего фактора». Также он сказал, что Марико хочет убить её собственный отец, который знает о завещании. Параллельно Виктория Грин с воинами ниндзя наведываются в дом семьи Ясида. Грин отравляет Сингэна и забирает Марико.

Посетив дом Ясиды, Логан ложится на операционный стол и пытается извлечь из своего тела жучка, запущенного в него Гадюкой, который присосался к самому сердцу и ослабляет его. В этот момент на него нападает оклемавшийся Сингэн в самурайских доспехах. Юкио сражается с Сингэном, пока Росомаха пытается извлечь жучка из своего тела. Во время операции сердца Логана останавливается, но способность к регенерации возвращается и исцеляет Росомаху. Убив Сингэна, он отправляется в родную деревню Ясиды, куда его «приглашает» записка, оставленная Гадюкой на одном из трупов, и где компания Ясиды построила на склоне горы лабораторию.