Оби-Вана посылают на планету Утапау, где он находит и убивает Генерала Гривуса. Во время разговора с Палпатином Энакин в одночасье понимает, что канцлер — Владыка Ситхов Дарт Сидиус. Палпатин рассказывает Энакину о могуществе тёмной стороны силы и умоляет использовать его знания, чтобы спасти Падме. Энакин собирается выдать Палпатина совету джедаев. Узнав от Скайуокера страшную правду, магистр-джедай Мэйс Винду с тремя джедаями пытается арестовать верховного канцлера. После короткого боя, в котором погибают его спутники, Винду обезоруживает Палпатина. Когда в офис врывается Энакин, он видит, что Винду хочет убить Владыку Ситхов. Энакин отрубает руку с мечом магистру Винду, веря, что только Палпатин знает путь к спасению его жены. Сидиус обрушивает на Винду энергетический вихрь электрических разрядов, выбрасывая его в окно. Энакин присягает на верность Сидиусу, тот даёт ему ситхское имя Дарт Вейдер. Он приказывает Вейдеру уничтожить всех джедаев в храме, включая юнлингов (самых юных учеников), а затем отправиться на Мустафар и убить всех лидеров Сепаратистов. Палпатин, используя запрограммированую в клонах директиву, называемую Приказ 66, отдаёт им приказ истребить всех джедаев. Многие джедаи погибают, но по крайней мере Йоде и Оби-Вану удаётся спастись.

Дарт Вейдер убивает всех юнлингов в Храме Джедаев, тем самым пройдя древний ситхский обряд крещения кровью. После этого он приходит к Падме и пытается убедить её, что джедаи пытались предать Республику, устроив переворот. Затем он улетает на Мустафар, где по приказу своего нового учителя убивает лидеров Сепаратистов. Сенатор Бэйл Органа встречается с Оби-Ваном и Йодой и доставляет их в храм джедаев. Палпатин сообщает сенату о заговоре джедаев с целью свергнуть Республику и говорит, что Республика будет превращена в галактическую Империю, дабы обезопасить себя как от внешних, так и внутренних врагов. Сенат воодушевлённо аплодирует новому императору. В храме джедаев Оби-Ван и Йода посылают сигнал всем джедаям спасаться. Оби-Ван просматривает записи службы безопасности и видит, как Энакин убивал джедаев в храме и докладывал об этом Сидиусу. Йода и Оби-Ван решают вступить в бой с ситхами, но Йода запрещает Оби Вану идти против Сидиуса, отправляя его против Вейдера. Он встречается с Падме, которая не может поверить, что Энакин перешёл на тёмную сторону. Когда она улетает на Мустафар, желая остановить Энакина, Оби-Ван скрытно пробирается на борт её корабля.

Йода отправляется в здание сената, чтобы сразиться с Дартом Сидиусом. В ходе жестокой схватки, в которой во все стороны летят кафедры членов Сената, оба противника оказываются в разных концах сенатского зала. Обезоруженный Йода, понимая, что вот-вот появится охрана Палпатина, уходит с помощью сенатора Органы. Разочарованный поражением, Йода решает отправиться в изгнание. Дарт Сидиус, чувствуя, что владыке Вейдеру угрожает опасность, улетает на Мустафар.

Амидала прилетает на Мустафар и встречает Вейдера. Падме умоляет Энакина бросить всё и остаться с ней, но он отказывается — веря, что он сможет свергнуть Палпатина, заявляя, что он и Падме вместе будут управлять Галактикой. Вейдер видит, как с корабля Падме спускается Оби-Ван, и решает, что Падме предала его. В ярости, используя Силу, он душит её до потери сознания. Оби-Ван и Вейдер вступают в яростную битву. В ходе поединка противники нечаянно отключают систему защиты, лава поднимается всё выше и выше. Река лавы разделяет Вейдера и Оби-Вана. Несмотря на риск, Вейдер прыгает к Оби-Вану, пытаясь атаковать, и Оби-Ван отсекает ему руку и ноги. Вейдер падает на берег лавовой реки, его одежда загорается, он горит заживо. Оби-Ван улетает с Мустафара, захватив раненую Падме и меч Энакина. На планету прибывает Дарт Сидиус и забирает с собой Энакина, находящегося на грани смерти.