Сюжет

Каждый уровень логически следует за предыдущим. В начале каждого уровня игрок получает информацию из записей различных журналов, а также указания к действию (на протяжении уровня цели могут меняться). Три сюжетные линии переплетаются друг с другом, что требует от игрока пройти все три кампании, чтобы узнать весь сюжет. На одном из уровней игры все три ипостаси игрока встречаются в одном месте. В отличие от предыдущей игры, игрок-Чужой начинает игру как лицехват, который затем становится грудоломом, прежде чем сможет вырасти во взрослую особь-трутня.

Общий сюжет

Системы слежения Корпорации замечают посадку корабля Хищников. Службе безопасности с трудом удаётся обезвредить пришельцев.

Через некоторое время из-за халатности при попытке вывезти с планеты яйца Чужих один из лицехватов сбегает и находит себе жертву. Повзрослевший Чужой пробивается с боем через охрану Комплекса и сталкивается с Хищником. Схватка завершается активацией системы самоуничтожения Хищника, взрыв которой пробивает большую брешь в периметре, через которую в Комплекс проникает множество Чужих. Большая часть выживших людей эвакуируется в Капсулы, остальные же пытаются забаррикадироваться в труднодоступных помещениях и отдельных строениях КПО.

Прилетевшие на помощь десантники обнаруживают, что в Комплексе никто не выжил, и направляются к Капсулам. Однако для этого им приходится отключить систему безопасности тоннелей, что приводит к сбою в работе систем безопасности Капсул. Воспользовавшись случаем Чужие убивают всех, кто оказался на земле за пределами Капсул, а также проникают в сами Капсулы, сея разрушение и смерть. Один из Чужих убивает учёного, который следил за состоянием пленного Хищника.

К тому времени, как десантники добираются до Капсул, там уже был восстановлен порядок. Однако хозяева не обрадовались появлению гостей — ведь те могут узнать секреты Корпорации. Эйзенберг и Рыков предлагают Маккейну план по эвакуации учёных из комплекса Зет. На самом деле учёные давно погибли, а десантникам суждено сыграть роль приманки для Чужих. Отправив десантников на верную смерть, Эйзенберг посылает своих киборгов захватить Королеву и погрузить её на корабль. В свою очередь Рыков с «железными медведями» начинает охоту на Хищника, сбежавшего из плена.

Сюжет человека

Действие кампании начинается на борту военного корабля «Верлок» (как и названия кораблей «Ностромо» и «Сулако» из фильмов «Чужой» и «Чужие», название «Верлок» происходит от персонажа из романа Джозефа Конрада), который перевозит подразделение колониальных морпехов на планету LV-1201. База Вейланд-Ютани на планете молчит уже шесть недель, и морпехи получают задачу разведать причину потери связи, а также спасти выживших людей, если таковые найдутся. Два десантных корабля вылетают в местоположение КПО, но сильные ураганные ветры повреждают один челнок.

Гаррисон с несколькими другими десантниками отправляется восстановить работу навигационных систем посадочной площадки, однако взрыв мины-ловушки с обвалом тоннеля отделяет его от товарищей. Затем Гаррисон становится свидетелем того, как Хищник уничтожает группу выживших людей. Добравшись до КПО, он запускает генераторы и посадочный маяк, позволяя десантному кораблю успешно приземлиться.

Майор Маккейн поручает Гаррисону спуститься на нижний этаж и активировать системы безопасности сектора, чтобы обеспечить защиту посадочной площадки и корабля. Внутри комплекса всюду возведены баррикады и видны следы ожесточённой борьбы. Добравшись до пульта управления на 4-м уровне, Гаррисон активирует систему безопасности, однако это пробуждает Чужих, и обратно ему приходится пробиваться с боем.