Поднявшись на поверхность Комплекса, Гаррисон встречает другого врага — Хищника, который начал охоту на солдат Корпорации, пришедших по приказу Эйзенберга подготовить посадочную площадку к вывозу Королевы. Кроме того Хищник разрушил оборудование этой посадочной площадки, и Гаррисону нужно искать другую. Поначалу Хищник играет с Гаррисоном, пытаясь расстрелять издалека из плазменной пушки и отступая, но в конце-концов нападает на него в открытую.

В следующем секторе Гаррисон обнаруживает нескольких членов своей команды, но Чужие успевают убить их. Гаррисон активирует навигационный маяк, находит тяжёлое оружие (пулемёт), чтобы очистить посадочную площадку от Преторианцев, и улетает на десантном челноке.

Томико передаёт координаты раскопок, и Гаррисон, облачившись в экзоскелет, идёт на поиски своего отряда. Внутри Улья, в который Чужие превратили строения Пилотов, Гаррисон сталкивается с остатками отряда Эйзенберга, которые должны были захватить Королеву Чужих, и с самими Чужими. Чтобы открыть проход, Гаррисону необходимо активировать некоторые технологии Пилотов, заблокированные структурами Чужих (для этого необходимо расстрелять из лазера связки, идущие от центрального ствола к потолку и стенам).

В одном из проходов тяжёлый экзоскелет проламывает пол и разбивается при падении в шахту, и Гаррисон продолжает поиски пешком. Он находит свою команду и побеждает Королеву ксеноморфов. Десантники взрывом пробивают стену Улья для выхода, а Томико подгоняет десантный челнок к пролому, спасая команду от полчищ разъярённых Чужих.

Когда десантный корабль уже находится далеко от Улья, Томико взрывает термоядерные реакторы в капсулах, уничтожая их и погибая сама. Вернувшись на «Верлок», майор Маккейн выступает против продолжения попыток поиска выживших на LV-1201.

Сюжет Хищника

В начале показано, как Хищники уничтожают отряд десантников на планете Корари. Спастись удаётся только Василию Рыкову, однако полученные травмы приводят его к инвалидности. Рыков использует экспериментальное лечение — искусственный позвоночник, который позволяет ему нормально двигаться, однако вызывает сильные боли, требующих мощные лекарств для подавления.

Через 19 лет Рыков, дослужившийся до генерала и ставший начальником службы безопасности на колонии планеты LV-1201, видит на экране монитора заходящий на посадку корабль Хищников…

Хищник (игровой персонаж) прибывает на LV-1201 вместе с двумя членами клана (на первой карте он встречает их и получает дополнительное оружие). Охота на людей заканчивается встречей с Чужими, во главе с Преторианцем. Затем Хищник узнаёт, что его соплеменники, с которыми он прибыл, были схвачены «Железными медведями». Он пытается преследовать бронетранспортёры, но те успешно добираются до Капсул.

Обнаружив неисправную турель, Хищник проникает через периметр ущелья под Капсулами и добирается до лифта. Несмотря на то, что в ангаре Капсулы его уже ждёт засада, прорывается и начинает подъём вверх по техническим этажам Капсулы. Здесь наибольшую опасность представляют киборги со снайперскими винтовками. Однако на пути к жилым уровням он попадает в ловушку, которая оглушает его электромагнитными гранатами.

Рыков узнаёт узор на маске Хищника и забирает её себе в качестве трофея. Позже, сравнивая сложность узора с узорами на масках других Хищников, он приходит к выводу, что его противник входит в элиту своей расы. Самого же Хищника обезоруживают и помещают в анабиозную камеру лаборатории, где по замыслу Рыкова идёт разработка биологического оружия против Хищников. Другой Хищник погибает, когда с него снимают имплантированное снаряжение (запястные лезвия и компьютер). Третьего в качестве эксперимента заражают эмбрионом Чужого — полученного Чужехищника позже освободит игрок-Чужой и убьёт игрок-Гаррисон.