Вудс рассказывает об операции в Афганистане. Мулла Рахман, лидер моджахедов, должен был рассказать им о Менендесе взамен на оружие и защиту базы. База успешно защищена, советские войска идут в последнюю атаку. В огромном танке Мэйсон-старший обнаруживает Кравченко, выжившего после событий далекого 1968 года. Из-за Кравченко у Мэйсона «просыпаются» галлюцинации в виде цифр и желание убить Кравченко, чему Мэйсон сопротивляется.

1) Если Мэйсону удастся одолеть «числа», то Кравченко убивает Вудс, узнав у него о кроте в ЦРУ.

2) Мэйсон пристреливает Кравченко, который так ничего и не рассказал.

Мулла Рахман предает их, схватывает и бросает Мэйсона, Вудса, Хадсона и Чжао умирать в пустыне. Некто спасает их и дает выпить. Мэйсону показалось, что это был Виктор Резнов. Больше он, кстати, в жизни Мэйсона не появлялся.

Затем Вудс рассказывает о нападении на особняк Менендеса. Ему, Мэйсону-старшему и Хадсону помогает Мануэль Норьега.

Менендес сидит в комнате сестры. Внезапно кто-то стучит. Рауль подходит к двери и открывает её, перед ним стоит охранник, которого через секунду убивают бойцы Норьеги. Рауля хватают, один из солдат начинает избивать его сестру. Менендес приходит в ярость, убивает командира, но несмотря на сопротивление, его усыпляют и передают в руки Норьеги. Рауль приходит в себя недалеко от виллы. Подошедший Норьега убивает двух своих солдат и освобождает Рауля, сообщая, что за ним пришли американцы. Рауль избивает Норьегу, берет его дробовик и прорывается в свой дом. Ворвавшись в коридор с комнатой, где прячется Джозефина, он видит Мэйсона и Вудса, последний открывает по нему огонь. Рауль начинает бороться с Хадсоном, и видит, как граната попадает в комнату Джозефины, которая погибает.

Дальше игра переключается на Мэйсона, который наблюдает за Раулем в бинокль. После этого он, Вудс и Хадсон спускаются с горы и начинают штурм деревни. Добравшись до гаражей, группа видит, как Менендес открывает дверь конюшни. Бойцы понимают, что Норьега предал их. Вудс пытается догнать Рауля, но его останавливает Хадсон. Вместе они доходят до внутреннего двора виллы. Группа разделяется — Вудс и Мэйсон спускаются в подвал-лабораторию, а Хадсон прочесывает дом. Зачистив лабораторию, бойцы поднимают наверх и попадают в тот же коридор, что и Рауль. Вудс начинает стрелять по Менендесу, которого нужно взять живым. Мэйсон пытается остановить его, но Фрэнк бьет его головой и бросает гранату в Рауля, но та отскакивает и попадает в комнату Джозефины. Раздается взрыв.

После взрыва Мэйсон и Вудс приходят в себя, и узнают, что Рауль Менендес мертв. Хадсон говорит: «Никому ни слова о том, что здесь произошло».

Дэвид Мэйсон вместе с напарниками, Майком Харпером и Хавьером Салазаром прорывается в Антем в Лахоре в Пакистане, дабы проследить за Менендесом. Прорываясь по затопленной улице сквозь солдат МБР, скрываясь от дронов и тихо уничтожая неприятелей, «Сектор» вместе с Харпером прорываются в канализацию, Салазар находится на другой позиции. Поднявшись на крышу и сняв двух врагов, группа начинает записывать разговор Менендеса. Так как он постоянно перемещается, бойцам тоже приходится менять позицию. Во время третьей записи разговора они видят наёмника Дефалко и узнают, что он послан Менедесом за некой «Кармой», Дефалко получает некий предмет от Рауля и сообщает тому место встречи с генералом Чжао. В последней записи разговора Менендеса, они понимают, что их обнаружили и уходят. Дэвид связывается с Салазаром и просит эвакуации. После зачистки депо при поддержке CLAW Брутуса и Максимуса, группа садится в эвакуационные машины и уезжает из города. В конце миссии может произойти следующее: