Союзники

• Майкл Дуган (актёр — Рэй Уайз) — президент Соединённых Штатов Америки . Периодически появляется в роликах, взывает к западноевропейским лидерам союзников для совместной борьбы с СССР, находясь в «неизвестном месте» (оказавшемся Канадой).
• Таня Адамс (Кэри Вюрер) — специальный агент союзников.
• Альберт Эйнштейн (Лари Гелман) — главный разработчик передовых технологий, используемых в вооружении западных союзников. Свои разработки ведёт в лаборатории в Тёмном лесу в Германии. В вымышленной Вселенной Command & Conquer считается, что в 1946 Эйнштейн возвратился в 1924, чтобы уничтожить Гитлера и предотвратить Вторую мировую войну.
• Генерал Карвилл (Барри Корбин) — высокопоставленный командир американской армии, занимающийся подготовкой новых руководящих кадров для американской армии.
• Генерал Лион (Фрэнк Брайенброк) — французский главнокомандующий.
• Лейтенант Ева Ли (Афина Мэсси) — адъютант в миссиях союзников.

Сюжет

История продолжает события первого Command & Conquer: Red Alert — союзники побеждают в войне, а Сталин погибает во время финальной битвы за Москву. Главой государства союзники назначают Председателя Совета Министров СССР Александра Романова, как «марионетку» для поддержания мира. Однако у Романова другие планы: помня об унижении, которое испытал русский народ во время союзнической оккупации, он готовится отомстить Америке. Позже в советской кампании рассказывается, что правая рука премьера Юрий использовал психологическое влияние на Романова и других членов советского правительства, чтобы подтолкнуть их к нападению на США, одновременно манипулируя и СССР, и Западом, а также работая над созданием собственной армии. Советская армия вмешивается в гражданскую войну в Мексике, поддерживая повстанцев, сражающихся против проамериканского правительства, что вызывает негодование американского президента Дугана. Дальнейшая конфронтация ведёт к тому, что и СССР, и США готовы начать новую мировую войну.

Узнав о перемещении советских транспортов через Атлантику к берегам Северной Америки, Дуган связывается по телефонной линии с Романовым и требует прекратить наметившееся вторжение, после чего приказывает использовать американский ядерный арсенал против Советского Союза. Однако американцам попросту не удаётся запустить ракеты с боеголовками, поскольку Юрий подвергает гипнозу американского диспетчера, и тот взрывает ракеты перед их запуском. В результате угроза ядерной войны избегнута, однако лояльный к Романову генерал Владимир возглавляет внезапное нападение на Соединённые Штаты. С этого момента берут начало обе кампании.

Кампании

Command & Conquer: Red Alert 2 предлагает две альтернативные кампании: советскую и союзническую (американскую). В советской кампании нападение на США проходит успешно, даже несмотря на политический переворот в Советском Союзе, когда Юрий заменяет «больного» премьер-министра Романова, позже убитого, по заявлению Юрия, генералом Владимиром. Позже становится ясно, что Юрий является ответственным за всё это. Игрок разбивает Юрия, выбив того из захваченного им Кремля, после чего уничтожает остатки американской армии, защищающие хроносферу на Аляске, и становится во главе Советского Союза, а значит — и во главе всего мира.

В союзнической кампании советское вторжение, несмотря на первоначальные успехи в захвате крупнейших городов США (Нью-Йорк, Вашингтон, Чикаго), терпит неудачу. В конце концов союзники используют хроносферу, чтобы вторгнуться в Москву. Они свергают Романова и снова устанавливается мир на Земле, до тех пор, пока Юрий со своей армией не возвращается (в расширении Yuri's Revenge).