В мае 2001 года, в честь получения игрой множества (более 30) наград «Игра Года», было выпущено улучшенное издание игры — Deus Ex: Game of the Year Edition. Оно содержало последний патч для игры, SDK, существенно расширяло возможности многопользовательской игры, содержало диск с модифицированным саундтреком игры и страницу из вымышленной газеты, в которой излагались события в мире игры (файл в формате PDF).

В апреле 2007 года Deus Ex стал доступен в Steam — крупнейшем в мире сервисе цифровой дистрибуции.

В феврале 2008 года Deus Ex была официально издана в России, издателем стала компания Новый Диск. Изданная версия не была переведена, но существует несколько фанатских переводов, русифицирующих как субтитры, так и озвучку.

Модификации

22 июня 2000 года был выпущен SDK игры — набор программ для создания модификаций к ней. SDK Deus Ex состоял из тех же инструментов, которые использовались для создания самой игры. Он позволил создавать собственные карты с использованием текстур и звуков оригинальной игры, модифицировать существующие карты, создавать собственные миссии и распространять их другим игрокам. Он включал в себя:

• Модифицированный UnrealEd — редактор уровней, позволяющий создавать игровые локации и предметы в них, скрипты, NPC и их искусственный интеллект, а также движения камеры в кат-сценах от третьего лица.
• Модифицированный UnrealScript compiler (UCC).
• ConEdit (conversation editor) — полнофункциональный редактор диалогов, позволяющий создавать диалоги, ход которых зависит от ранее принятых решений, настраивать камеры в режиме от третьего лица, создавать случайные или полуслучайные события в игре.
• Инструмент для преобразования объектов, созданных в редакторе LightWave 3D в формат Unreal.
• Несколько диалоговых файлов-примеров из двух первых миссий игры и обширную документацию.

По словам Уоррена Спектора, фанаты модифицировали игру и до выхода SDK, но он серьёзно упростил этот процесс. С помощью SDK было создано множество модификаций, например, добавлявших оружие, изменявших сложность игры, графику или сюжет.

Deus Ex: The Conspiracy

17 мая 2001 года было объявлено, что Deus Ex будет портирован на консоль Sony PlayStation 2. Порт был выпущен 25 марта 2002 года под названием «Deus Ex: The Conspiracy», основные изменения в нём были следующими:

• Усовершенствована графика, добавлены динамические погодные и световые эффекты
• Модели предметов и персонажей заменены на более качественные
• Анимация обновлена с помощью технологий скелетной анимации и захвата движения
• Диалоговые ролики на движке игры заменены пререндеренными видеороликами
• Обновлён ряд уровней: улучшен дизайн и добавлены некоторые геймплейные элементы
• Изменён интерфейс управления характеристиками персонажа
• Изменена структура уровней — из-за ограниченного объёма памяти консоли уровни поделены на бо́льшее количество частей, меньших по размеру, чем в компьютерной версии
• Управление переработано под контроллер PS2 Sony Dual Shock, добавлено автоматическое прицеливание (обычное для шутеров на консолях)
• Добавлена звуковая система Dolby 5.1
• Главная музыкальная тема игры, играющая в главном меню, перезаписана с помощью симфонического оркестра.