В игре имеется разветвлённое внутреннее меню управления персонажем, его снаряжением и доступной ему информацией, сделанное в стиле обычных меню Windows. Оно состоит из следующих частей:

• Инвентарь. В инвентаре хранятся все предметы, которые игрок может взять с собой. Кроме оружия, в нём могут быть:
• • Отмычки и мультитулы (multitool, электронные отмычки) — нужны для взлома обычных и электронных замков. При этом они расходуются, и чем сильнее развито соответствующее умение, тем меньшим количеством инструментов можно завершить взлом.
  • Аптечки и биоэнергобатареи — восстанавливают здоровье и биоэнергию.
  • Усовершенствования оружия — устройства, модифицирующие оружие (увеличивающие точность, скорострельность, объём магазина и т. п.).
  • Средства защиты (бронежилет, костюм для защиты от агрессивной среды, спецкостюм частичной невидимости, акваланг).
  • Средства радиоэлектронной борьбы — электромагнитные и волновые гранаты, применяющиеся для дезориентации охранных систем.
  • Еда (от батончиков до колы) — в обмен на неё уличные бродяги могут сообщить информацию, помогающую выполнить задание.
  • Также в снаряжение могут быть добавлены бинокль, прибор ночного видения, дымовые шашки, огнетушители и другое.
• Здоровье. Тело персонажа поделено на 6 частей: голову, торс, 2 руки и 2 ноги, и повреждения каждой из них вычисляются отдельно. Повреждения частей тела влияют на возможности персонажа — так, с повреждённой рукой персонаж хуже стреляет, а с ногой не может бегать; это действует как на персонажа игрока, так и на противников. Аптечками можно восстановить как общее здоровье персонажа (при этом незначительно повышается уровень здоровья каждой из частей), так и применить их на конкретную часть тела для ускоренного её восстановления.
• Аугментации. Здесь перечислен список доступных слотов для них, уже установленные аугментации и их уровень развития, тут же их можно развивать.
• Умения. Перечислены умения и их текущий уровень развития, отсюда же их можно повысить при наличии достаточного количества очков опыта.
• Задания и заметки. Здесь перечислены задания, выданные игроку (как текущие, так и уже выполненные или проваленные), а также сохранены все записи из компьютеров, найденных игроком. Нередко в них указываются коды доступа, открывающие электронные замки.
• Разговоры. Сюда сохраняются тексты всех разговоров игрока с другими персонажами и всех сообщений, полученных им по радио.
• Изображения. Здесь находятся изображения, найденные игроком или пересылаемые ему для выполнения заданий (например, спутниковые снимки или планы локаций).
• Логи. Сюда записываются действия игрока (например «Вы подобрали аптечку», «Вы отключили камеру», «Вы восстановили 25 % здоровья»).

В процессе прохождения игроку нужно разговаривать с персонажами игры; многие диалоги необходимы для дальнейшего продвижения. Разговоры раскрывают сюжет; дают возможность выбора дальнейшего пути прохождения; в диалогах с персонажами-торговцами можно покупать оружие и снаряжение. По словам разработчиков, в игре более 10 000 строк текста, используемого в диалогах — в несколько раз больше, чем в других играх того времени. При разговоре камера переключается на вид от третьего лица и игрок теряет управление над персонажем, то есть не может совершать никаких действий, пока не закончит диалог.

Действия игрока нередко влияют на последующие события. Например, если на уровне Battery Park в Нью-Йорке игрок убьёт слишком много людей, интендант в штабе UNATCO не выдаст ему дополнительное снаряжение; если во время нападения на квартиру Пола Дентона игрок станет защищать его, Пол выживет и будет помогать игроку в дальнейшем, если же игрок сбежит, Пол погибнет; если игрок посоветует медику из UNATCO сбежать, то позже получит от того набор для развития аугментаций, а если даст задание оставаться там и шпионить, получит от него код самоуничтожения одного из игровых боссов — Гюнтера Германна, что позволит избежать битвы с ним.