Разработчики постарались дать игроку множество способов выполнения задач в игре. Это было сделано для того, чтобы каждый игрок мог выбрать удобный для себя стиль прохождения, а также чтобы заинтересовать их проходить игру несколько раз. Например, чтобы попасть в помещение, дверь в которое заперта, можно найти ключ, взорвать дверь или обойти её через вентиляционные шахты. Для этого же было ограничено развитие умений и навыков персонажа: даже дойдя до финала и используя все возможности по сбору опыта и аугментаций в игре, игрок сможет развить до максимального уровня лишь около половины умений. Поэтому игрокам приходится развивать только умения, наиболее полезные для их стиля прохождения: «напролом» (навыки владения оружием, ношение брони и медицина) или скрытно (навыки взлома замков, компьютеров, и плавания).

Изначально игра задумывалась гораздо более обширной, чем получилась в финальной версии. Разработчики планировали 25 миссий по всему миру, в том числе в Белом Доме, Лондонском метро, Tokyo DisneySea, Сибири, Техасе (где должна была идти война США с альянсом Мексики и России). Финал игры должен был проходить на заброшенной МКС и добывающей колонии на Луне, был сюжет о борьбе за неё между войсками ООН и Китая (отрывок этой истории можно прочитать в одной из газет, оставшихся в финальной версии игры). В этих локациях должен был сильно измениться геймплей, появилась бы низкая гравитация, кислородные баллоны, скафандры для вакуума. Но разработчики пришли к выводу, что тогда финал игры по стилю стал бы совершенно непохож на всю остальную игру. Так было в Half-Life и это не понравилось многим игрокам, поэтому в Deux Ex от этого решили отказаться. МКС и Луну вырезали, финальную миссию перенесли сначала в комплекс Mount Weather в Вирджинии, и наконец в Зону 51. В финальной версии осталось 12 различных локаций и 3 города: Нью-Йорк, Гонконг и Париж.

Одним из компромиссов, на которые пришлось пойти во время разработки, стал линейный сюжет. В ранних версиях игры были 2-3 точки ветвления, но их убрали; хотя в финальной версии осталось несколько точек, в которых нужно принимать решения, влияющие на последующий сюжет, во всех случаях игрок проходит по одной и той же цепочке локаций и основная сюжетная линия не меняется. Наиболее сложной задачей при разработке стала балансировка игры — чтобы различные стили игры (напролом: убивая всех и взрывая замки; или скрытно: обходя врагов и открывая замки с помощью кодов и отмычек) были примерно одинаковыми по сложности и имели каждый свои преимущества.

В первоначально выпущенной версии игры не было многопользовательского режима. Deus Ex изначально разрабатывался как одиночная игра, а разработка сбалансированного многопользовательского режима сильно отличается от разработки одиночного. Создатели игры хотели сделать мультиплеер с тактическими особенностями Deus Ex (такими, как использование аугментаций), но это требовало слишком много времени, а выпускать его недоработанным они не собирались. Он был разработан после выхода игры и добавлен в одном из патчей.

По словам Спектора, в сюжете игры нашли отражение его политические и философские взгляды — о растущем разрыве между богатыми и бедными, о пределах вмешательства государства в жизнь его граждан. В отличие от большинства игр, в финале игрок должен не убить «главного плохого парня», а выбрать дальнейший путь развития человечества. Создатели «решили позволить игроку поступить в соответствии с тем, во что он верит, а не тем, во что верят они». Спектор сказал, что одна из концовок игры полностью отражает его мировоззрение.