Отсылки к реальному миру

Название «Deus Ex» происходит от латинского выражения deus ex machina, означающего «бог из машины», то есть «персона или событие, которое обеспечивает внезапное, неожиданное разрешение истории» (ссылаясь на практику в греческой драме, когда актёр, играющий божество, спускается на сцену сверху с помощью машинного механизма, и неким образом разрешает ход истории). Уоррен Спектор, исполнительный продюсер Deus Ex, заявил, что из этого выражения намеренно убрано последнее слово, и название игры служит как ссылкой на различные фракции в игре, пытающиеся стать богоподобными, так и на сюжет, предлагающий неожиданные повороты истории.

Неясно до конца, что значат буквы JC (Джей-Си) в имени агента Дентона. Во время игры на это нет никаких указаний. Харви Смит, ведущий дизайнер Deus Ex, сказал, что изначально Джей-Си должен был быть потомком Иисуса Христа (англ. Jesus Christ); однако, Уоррен Спектор утверждал, что имя «Джей-Си» было выбрано из-за своего унисекс-качества, когда дизайнеры ещё хотели позволить игроку выбирать пол главного героя.

В Deus Ex игроку встречается множество книг, газет и записей в компьютерах. Они содержат информацию, нужную в прохождении игры (например пароли для компьютеров), глубже раскрывают сюжет или создают необходимую атмосферу. Многие из текстов являются отсылками к известным произведениям мировой культуры: мифологии, книгам, фильмам, а также историческим фактам; нередко они представляют собой аллегорические комментарии на ситуацию, в которой в данный момент находится игрок. Среди этих произведений философский роман Гилберта Честертона «Человек, который был Четвергом», научно-фантастический цикл Айзека Азимова «Академия», военно-политический трактат древнекитайского военного и мыслителя Сунь-цзы «Искусство войны», «Здравый смысл» Томаса Пейна, «Ричард III» Уильяма Шекспира, а также повесть The Eye of Argon, которая считается одним из худших научно-фантастических произведений в истории.

Способы применения нанотехнологий в сюжете игры, например, Универсальный Конструктор, придуманы под влиянием киберпанк-романа Нила Стивенсона «Алмазный век». Инструмент взлома компьютеров называется ICE Breaker (ледоруб) — это отсылка к трилогии Уильяма Гибсона «Киберпространство», считающейся одним из первых произведений в стиле киберпанк.

Девизом Маджестик-12 является знаменитое изречение Френсиса Бэкона: «Знание — сила».

В одном из электронных писем сказано о разработке нового типа биологического оружия неким И. Великовским. Иммануил Великовский — американский псевдоучёный русского происхождения, известный своими историческими теориями, включающими элементы креационизма и новой хронологии. В другом письме автор рассказывает о своём прохождении реально существующей ролевой компьютерной игры NetHack. Ещё в одном письме рекламируется новый сборник рассказов за авторством Шелдона Пачотти. Шелдон Пачотти — сценарист игры и этот сборник — действительно одно из его произведений. В одном из писем упоминаются фильмы «Увидимся в следующую среду» и «Синий урожай». «Увидимся в следующую среду» — известная фраза, которую вставлял во все свои фильмы режиссёр Джон Лэндис, а «Синий урожай» был внутренним кодовым названием фильма Звёздные войны. Эпизод VI: Возвращение джедая, придуманным для скрытия информации о нём от журналистов.