Очутившись посреди леса, мальчик оказывается втянутым в ожесточённое сражение между причудливыми гуманоидами и огромным чудовищем. Предводитель гуманоидов, охотник по имени Сид, желая спасти Лусо, предлагает тому вступить в свой клан. Каждому клану в мире Ивалиса покровительствует так называемый судья, добрых дух наподобие ангела-хранителя, оберегающий своих подопечных от смерти. Лусо соглашается присоединиться к охотникам, помогает в сражении с чудовищем и вместе со всеми отправляется в близлежащую деревню. Главный герой рассказывает о приключившемся с ним происшествии, становится полноправным членом клана и активно участвует во всех его делах. Однажды он находит у себя волшебный дневник, страницы которого заполняются сами собой, подробно описывая все происходящие с ним явления — в стремлении разгадать природу дневника Лусо, Сид и остальной клан отправляются в город Камоа. Победив по дороге бандитов, герои приходят к знакомому Сида и просят его дать наводку на какого-нибудь сильного мага, но тот в обмен на информацию просит принести ему стебель томата, который добывается из монстров, по внешнему виду напоминающих помидоры. В сражении с томатами героям помогает накая девушка, которая после победы над врагами ворует у Сида ценный трофей — сверло альрауна. По возвращении в Камоа Лусо узнаёт, что помочь ему вернуться домой может древний маг Лезафорд, по слухам доживший до сегодняшних дней. Кроме того, герои снова встречаются с той девушкой, которую, как оказалось, зовут Адель, прощают ей воровство и, приняв её в клан, все вместе отправляются в портовый город Грэсзтон.

В Грэсзтоне среди ночи Сид идёт к одному из своих осведомителей и узнаёт, что Лезафорд живёт на расположенных неподалёку скалистых склонах. Командир клана возвращается обратно в гостиницу, но в тёмном переулке его настигает загадочный убийца и стреляет в героя из пистолета. Лусо оставляет тяжело раненного Сида выздоравливать в гостинице, а сам, чувствуя вину за случившееся, отправляется на поиски мага без него. После непродолжительных поисков он находит Лезафорда, и тот рассказывает, что дневник необычным образом связан с судьбой Лусо. Каждый раз как мальчик совершает в Ивалисе какой-либо поступок, в дневнике автоматически появляется запись об этом. С каждой новой записью книга становится сильнее, и когда все её страницы будут заполнены, она сразу же перенесёт его обратно в свой мир. Обрадованный этой новостью Лусо отправляется в путешествие по Ютландии.

История создания

По словам авторов, после выпуска предыдущей части, Final Fantasy Tactics Advance, осталось много нереализованных идей, что привело к решению выпустить сиквел. Планировалось начать разработку намного раньше, но из-за занятости директора Юити Мурасавы другими проектами, фактически работа над игрой стартовала только в апреле 2006 года. Продюсер предыдущей части Мацуно на тот момент уже уволился из компании, поэтому вместо него на эту должность был назначен Хироаки Като. Изначально разработка велась под карманную консоль Game Boy Advance, но позднее целевой платформой стала более производительная Nintendo DS, что позволило аниматорам применить более развитую графику. В частности, по изначальной задумке все графические эффекты должны были быть оформлены в виде пререндерного видео, однако в конечном счёте ведущий программист Дзиро Мифунэ перевёл всю динамичную графику в 3D, оставив спрайтовыми только игровые поля, иконки персонажей и меню.