За тысячу лет до начала событий основного сюжета произошёл конфликт между тремя непримиримыми сущностями, вылившийся в великую войну с использованием магии. В один момент противостояние обернулось катастрофой, высвобожденная магическая сила превратила людей в «эсперов» — волшебных существ, которые были применены противоборствующими сторонами в качестве рядовых солдат. Однажды трое противников ужаснулись последствиям своей войны, вернули эсперам свободу, а сами обратились в камень с одним последним завещанием — никогда не использовать эту разрушительную силу вновь. Ведомые наставлением, эсперы переселились в скрытые земли, стараясь абстрагироваться от контактов с человеческой расой, тем самым защитив её от пагубной силы. С тех самых пор магия для человечества осталась существовать лишь в мифах и легендах, общество склонилось к развитию науки и технологий. Ближе к началу игры могущественная империя, ведомая тираничным императором Гашталем и безумным генералом Кефкой, атакует поселение эсперов и захватывает нескольких в плен. Стремясь к мировому господству, император изучает способности волшебных существ и создаёт на их основе механизмы «магитех», использующие в качестве оружия магию, а также людей способных колдовать, так называемых «рыцарей магитех», первым из которых становится сам Кефка. Однако, несмотря на успех эксперимента, имеющихся особей Гашталю недостаточно и он планирует совершить ещё одно нападение на эсперов, завладеть всей их силой, — в этом войскам империи противостоит оппозиционная организация «Возвращающие», выступающая за возвращение свободы захваченным землям.

Персонажи

Игроку доступны для управления четырнадцать основных персонажей, наибольшее количество по сравнению с остальными частями Final Fantasy, причём никого нельзя назвать главным или центральным. Кроме них некоторое время находятся под контролем и некоторые второстепенные герои, но сравнительно недолго.

• ティナ・ブランフォード — девушка, наполовину являющаяся человеком и наполовину — эспером. Бо́льшую часть жизни провела рабыней в руках Империи, всё время находясь под действием устройства, контролирующего разум. Обладает способностью «Морф»: на некоторое время Терра приобретает обличье эспера, и её магические атаки становятся более эффективными.
• ロック・コール — вор и охотник за сокровищами, симпатизирующий силам оппозиции, обладает завышенным чувством справедливости. Помимо обычных команд может воровать оружие и полезные предметы у соперников во время сражения.
• セリス・シェール — бывший генерал Империи, присоединившаяся к повстанцам и заключённая за это в тюрьму. Обладает способностью «руник», позволяющей поглощать всю используемую в сражении магию и эффект от неё.
• エドガー・ロニ・フィガロ — законченный донжуан и король государства Фигаро, решивший помочь «Возвращающим» в борьбе с Империей. Кроме обычного оружия может использовать «орудия»: дрель, бензопилу и др.; они обладают различными свойствами и наносят не меньший ущерб, чем другое оружие.
• マシアス・レネ・フィガロ — младший брат-близнец Эдгара, покинувший королевский двор, чтобы найти свой собственный путь в жизни; мастер рукопашного боя. Помимо того, что в качестве оружия он использует только кастеты, Сабин также на протяжении игры учит различные приемы боя — «блицы». Для них не нужно никакое оружие, а по эффективности эти приемы часто сильнее обычного оружия.
• カイエン・ガラモンド — верный рыцарь королевства Дома, потерявший семью и друзей из-за Кефки, который однажды отравил систему водоснабжения замка. Кроме простых ударов мечом Циан также на протяжении всего игрового процесса изучает различные «меч-удары», для чего выделена отдельная строка в меню персонажа. С их помощью можно нанести противнику большой урон.
• セッツァー・ギャッビアーニ — искатель приключений, картёжник и азартный игрок с собственным воздушным кораблём в распоряжении. Помимо того, что Сетцер в роли оружия использует метательные карты или дротики, также с помощью специального реликта он может наносить врагам урон, равный количеству золотых монет персонажей.
• シャドウ — наёмник-ниндзя, попеременно выполняющий задания то Империи, то сопротивления; рядом с ним повсюду следует верный пёс Перехватчик. В конце примыкает к повстанцам навсегда. Ранее был вором, есть дочь. Умеет метать любое оружие во врага, а также сюрикэны.
• リルム・アローニィ — маленькая девочка, склонная к изобразительным искусствам и магии. Обладает специальным умением «портрет»: может нарисовать любого противника и обращает его умения против него же.
• ストラゴス・マゴス — престарелый дедушка Релм, использующий способности однажды встреченных монстров.
• ガウ — дикий беспризорный ребёнок, выросший рядом с животными на плоскогорье Вельд. Как и Страго, может использовать магию встреченных врагов, но кроме этого, любые их атаки и навыки.
• モグ — мугл, обитающий вместе со своими сородичами в пещерах города Нарше. На протяжении игрового процесса Мог учит специальные танцы, привязанные к различным местностям: леса, пещеры, города и др., чтобы потом использовать их в бою. Каждому танцу соответствуют различные атаки. Кроме того, Мог — единственный мугл в игре, умеющий разговаривать, а также только он имеет реликт, позволяющий полностью избегать случайных битв.
• ウーマロ — огромный снежный человек, которого мугл Мог попросил присоединиться к героям в их борьбе с Империей. Может в буквальном смысле кидаться во врагов другими положительными персонажами, причем без последствий для последних.
• ゴゴ — загадочный мастер-мим, в точности копирующий любые движения окружающих.