Почти всех персонажей объединяет недовольство действиями Империи, неприязнь к безумцу Кефке и диктатору Гашталю. В ходе прохождения перед игроком часто предстаёт комичный злодей Ультрос, в сюжете задействованы многие второстепенные персонажи, некоторые из которых впоследствии появятся в таких играх как Secret of Evermore и Kingdom Hearts II.

История

Final Fantasy VI начинается с нападения отряда имперской армии на шахтёрский городок Нарше — войска с подконтрольной Тэррой Брэнфорд в составе ищут обнаруженного в шахтах эспера. Однако эспер, хоть и заморожен во льде, оказывается слишком сильным и убивает сопровождающих Терры — девушка избавляется от контролирующего разум устройства, но, тем не менее, не может вспомнить своего прошлого. Локк Коул, местный воришка, обещает защищать пострадавшую до тех пор, пока к ней не вернётся память, и ведёт её в укрытие «Возвращающих», подпольных оппозиционеров Империи. По пути к ним присоединяется Эдгар, правитель королевства Фигаро, а также его сбежавший брат Сабин. По прибытии героев встречает Бэнон, лидер повстанцев, он просит Терру помочь в их сопротивлении, и та соглашается. «Возвращающие» собираются отправиться обратно в Нарше и расследовать инцидент с замороженным в шахтах эспером, но Империя неожиданно атакует земли южного Фигаро, Локк шпионом проникает во вражеский лагерь, а весь остальной отряд вынужден эвакуироваться, сплавляясь вниз по реке. Во время путешествия персонажей атакует осьминог Ультрос, в результате чего команда разделяется на несколько групп — её воссоединению посвящены три отдельных сценария. В соответствии с первым сценарием, оставшийся в оккупации Локк незамеченным должен выбраться из города, второй сценарий описывает странствия Сабина, в то время как третий повествует о сплаве Тэрры, Эдгара и Бэнона дальше вниз по реке.

В итоге изначальная команда собирается в Нарше, причём Локк приводит с собой Целес Шир, бывшую военачальницу имперской армии, приговорённую к смертной казни за предательство. Ещё двоих персонажей приводит Сабин: первый из них, Циан Гарамонде, потерял семью, когда Империя атаковала его родное королевство, второй, мальчик по имени Гау, воспитан дикой природой и с трудом понимает человеческую речь. В Нарше герои планируют защищать эспера от нападок Империи, они успешно отбивают атаку, но Терра вступает с замороженным чудовищем во взаимодействие и сама превращается в эспера. Поражённая и напуганная своей внезапной трансформацией, она улетает прочь. «Возвращающие» отправляются на поиски Терры и находят её в городе Зозо, кроме того, здесь они встречают эспера по имени Раму, который просит их освободить других эсперов, заточённых в имперском исследовательском центре на континенте Вектор. Вектор — это закрытая южная территория, с которой нет морского сообщения, поэтому герои посещают оперный дом и нанимают авантюриста Сетцера Габбиани, владеющего собственным (и единственным в мире) воздушным кораблём. По воздуху персонажи добираются до исследовательского центра и спасают нескольких эсперов, в том числе и Мадуина, представившегося отцом Терры. Эсперы жертвуют своими жизнями, превращаясь в волшебные камни «магициты», с помощью которых «Возвращающие» могут пользоваться их силой. Героев пытается остановить Кефка, но те сбегают в Зозо, где Терра взаимодействует с магицитом своего отца и понимает, что является дочерью эспера и человеческой женщины.