Члены Синдакко похищают дона Леоне и пытаются убить, но его спасает Тони. Разъяренный Сальваторе лично берется за оружие и вместе с Тони и членами Семьи отвоевывает у Синдакко Квартал Красных Фонарей. Джейди наконец официально посвящают в семью Леоне, но вместо этого убивают - параноик Сальваторе не хочет верить тому, кто однажды уже предал его и примкнул к другой семье. Тони получает звонок от Винченцо с предложением встретиться и помириться. Но местом встречи оказывается засада. Тони убивает всех прихвостней Чилли и самого Винченцо, не смирившегося с возраставшим влиянием Тони в Семье.

Во время заключительных миссий Джейди Тони узнает о деятельности в городе высокопоставленного члена Сицилийской мафии Массимо Торини. Он был послан в город для урегулирования всех конфликтов между Семьями. На самом же деле он пытается стравить с Семьей Леоне латиноамериканскую банду Диаблос и китайских Триад. Тони с членами Леоне отбивает крупное нападение Диаблос на Квартал Красных Фонарей, Триады же взрывают наркопредприятие Леоне. Вдобавок, доном интересуется ещё и полиция, и ему вместе с Тони приходится бежать из Портланда, перепрыгнув на Стаунтон через ещё недостроенный мост Каллахан.

Свою деятельность на Стаунтоне Сальваторе начинает с убийства мэра города Рождера С. Хоула, который доставлял много проблем Семье. После убийства мэра, Сальваторе официально посвящает в Семью Тони и делает его капореджиме. Дон хочет сделать мэром города магната Дональда Лава, который работал на Леоне. Тони помогает Дональду в борьбе с другим претендентом, Майлзом О'Донованом, которого выдвинула другая вражеская мафиозная Семья - Семья Форелли. Но связь Дональда с мафией становится слишком очевидной и Лав проигрывает на выборах.

Тони вновь работает на Сальваторе и одновременно сотрудничает с Леоном МакАффри, продажным полицейским, работающим на Леоне. В ходе их заданий Сиприани наносит большие удары по Семьям Синдакко и Форелли. Также Сиприани совершает несколько терактов по поручению репортера Неда Бёрнера, скрывавшегося под видом священника.

ФБР все-таки добирается до Сальваторе, и он просит помощи у Тони. Сиприани отвоевывает район Сады Вичита у Семьи Форелли, а также убивает дона Поули Синдакко, стерев Семью Синдакко с криминальной сцены Либерти-Сити. Сальваторе опасается возрастания влияния в городе японской Якудзы и Тони уничтожает полученный японцами военный танк. Это привлекает к Тони внимание Тошико Касен, жены босса Якудзы Казуки Касена, которого она желает убить. Тони срывает несколько операций Казуки и убивает его самого. Тошико же оканчивает жизнь самоубийством. Тони звонит обнищавший Дональд Лав и предлагает убить техасского магната Эйвери Кэррингтона, сотрудничавшего со строительной компанией Panlantic. Также Тони убивает Неда Бёрнера, который был свидетелем убийства. Дональд выявляет странное желание получить оба трупа себе. Выясняется, что Лав - самый настоящий каннибал и некрофил. Для новой застройки Тони, по поручению Дональда, с помощью взрывчатки 8-Ball'а уничтожает значительную часть Форта Стаунтон - район Маленькая Италия. Именно на этом месте в GTA III идет стройка. Лав покупает роскошный особняк в Кедровой Роще, но ему начинает угрожать Колумбийский Картель. Тони отбивает нападение колумбийцев и отвозит Дональда в аэропорт. Лав на время покидает город. Особняк же отходит Картелю и именно у него происходит финальное задание GTA III.