Во время выполнения миссий 47-й находит письма, которые указывают на то, что все его цели были знакомы. Более того, все они служили во Французском иностранном легионе.

Последняя миссия приводит 47-го в Румынию, где он должен убить профессора Ковача. Увидев жертву 47-й узнаёт в ней «одного из людей с иголками», ставивших на 47-м опыты. Перепуганный Ковач заявляет, что во всём виноват профессор Орт-Мейер. В это время Орт-Мейер вызывает полицию. В психбольницу прибывает многочисленный отряд SWAT. 47-й вынужден спуститься в подвал, где он находит лабораторию по клонированию. По громкоговорителю доктор Орт-Мейер рассказывает 47-му всю правду о том, что он всего лишь клон. И все цели, которых он убил, были участниками проекта клонирования. Чтобы не делиться своим детищем, Орт-Мейер «заказал» их. 47-й же получился не такой, как все клоны — слишком своенравный, разумный — всё благодаря 47 хромосомам. Теперь 47-й хочет добраться до своего «отца». Но Орт-Мейер высылает на 47-го армию клонов нового типа — «48-х», бездушных, бездумно верных клонов. Однако, 47-й справляется с ними со всеми и добирается до Орт-Мейера. Игра заканчивается тем, что:

1. Агент 47 сворачивает шею Орт-Мейеру (каноническая концовка);

# 47-й не атакуя Орт-Мейера подходит к нему, тот использует электрошокер, и 47-й просыпается в подземной камере, думая, что все прошедшие события всего лишь сон.

Миссии

• Тренировка флаг Румынии (Румыния, Бухарест)

: Тренировка в лаборатории клонирования. Пройти тренировку и выбраться наружу.

• Триады начинают войну флаг Великобритании (Великобритания, Гонконг)

: Убить представителя "Красного дракона", чтобы разжечь войну между триадами. Представитель "Синего лотоса" должен выжить.

• Засада в ресторане "Ванг Фу" флаг Великобритании (Великобритания, Гонконг)

: Убить всех представителей "Синего лотоса".

• Бойня в рыбном ресторане флаг Великобритании (Великобритания, Гонконг)

: Убить представителя "Красного дракона" и начальника полиции. Спрятать тело представителя. Оставить улики против "Красного дракона".

• Убийство Ли Хонга флаг Великобритании (Великобритания, Гонконг)

: Убить Ли Хонга. Забрать нефритовую статуэтку.

• Поиски племени Ува флаг Колумбии (Колумбия, Аурес (Валье-дель-Каука)

: Найти племя и выйти с ним на контакт.

• Бог джунглей флаг Колумбии (Колумбия, Аурес (Валье-дель-Каука)

: Найти путь к поместью Пабло Белисарио Очоа.

• Поздоровайся с моим маленьким другом флаг Колумбии (Колумбия, Аурес (Валье-дель-Каука)

: Убить Очоа, уничтожить лабораторию по производству наркотиков, скрыться.

• Торговые традиции флаг Венгрии (Венгрия, Будапешт)

: Убить Франца Фукса, эвакуировать химическую бомбу.

• Рай контрабандистов флаг Нидерландов (Нидерланды, Роттердам)

: Подобраться к кораблю Аркадия Егорова.

• Утечка плутония флаг Нидерландов (Нидерланды, Роттердам)

: Убить Аркадия Егорова, обезвредить ядерную бомбу на судне.

• Подготовка флаг Румынии (Румыния, Бухарест)

: Убить Одона Ковача, найти подземную лабораторию.

• Встреча с братом флаг Румынии (Румыния, Бухарест)

: Убить всех клонов 48-ой серии, убить Отто Вольфганга Орт-Мейера.

(

• ) В 1994 район Гонконг, в состав которого входит Цзюлун, являлся частью Великобритании. 1 июля 1997 состоялась передача суверенитета Китаю.