Там, Инди и София нанимают корабль, и Инди ныряет в воду в поисках подводного входа в затерянный город. Но, пока он внизу, к кораблю подплывает немецкая подлодка, и Кёрнер похищает Софию и обрезает воздушный шланг Инди, оставляя ему всего 3 минуты воздуха. Инди вовремя обнаруживает вход в Атлантиду.

Командный путь

Инди и София направляются в Монте-Карло и обманом лишают Троттье его Солнечного камня, прежде чем направляться в Алжир, где они встречаются с Омаром Аль-Джаббаром, владельцем лавки. Омар раскрывает что немцы ведут раскопки где-то в пустыне. Инди выкрадывает туристическей воздушный шар, но его сбивает немецкий охранник на раскопках. Там, Инди и София обнаруживают фреску которая указывает что Кноссовский дворец на самом деле является колонией атлантов.

На руинах Кносса, используя «Гермократ», Инди и София выкапывают спрятанный Лунный камень. Используя оба диска, они открывают вход в Лабиринт. Обнаружив тело доктора Штернхарта, Инди забирает его Мировой камень. После долгих поисков, они добираются до зала с картой, в которой они обнаруживают детальный макет Атлантиды.

Тем временем, немецкая подлодка всплывает возле острова, и нацисты входят в Лабиринт. Они похищают Софию, но Инди удаётся пробраться на подлодку и притвориться членом экипажа. Он тихо вызволяет Софию и забирает выкраденные диски. Затем он управляет подлодкой и причаливает к подводному входу в Атлантиду.

Немцы опять похищают Софию прямо перед входом.

Атлантида

После долгих поисков и головоломок, вызволяя Софию из тюремной камеры и добираясь до второго «кольца» города, Инди обнаруживает что Софиею всё это время вёл дух Нур-Аб-Сала посредством медальона на её шее, чтобы вернуть себе своё старое королевство. Когда Нур-Аб-Сал захватывает тело Софии, Инди схватывает ожерелье и бросает его в лаву в тронном зале бога-короля.

Инди и София продолжают двигаться к центру города, представляющему собой огромное помещение с лавой и запутанными путями. Им удаётся добраться до центра помещения. В Колоссе, огромном устройстве в центре столицы, которое давало атлантам богоподобные способности, их хватают Уберманн и Кёрнер. Кёрнер считает что он является достойнейшим из присутствующих для превращения в бога. Используя десятикратную ошибку Платона, Уберманн бросает в машину 1 бусину орихалка вместо 10, превращая Кёрнера в уродливого рогатого коротышку. Поняв чем он стал, Кёрнер бросается в лаву. Нацисты затем заставляют Инди стать следующим подопытным кроликом.

Ему удаётся убедить Уберманна что, если он станет богом, то они первыми вкусят его гнев. Обманом, Инди заставляет Уберманна предпринять эксперимент на себе. Он бросает в машину 100 бусин и превращается в существо из энергии, которое затем взрывается, активизируя вулкан, спящий тысячелетиями. Пока город вокруг них рушится, Инди и София добираются до подлодки и всплывают на поверхность. Инди и София стоят на палубе судна и смотрят как город тонет под водой на закате солнца.

Альтернативная концовка

Если Инди не удалось уничтожить дух Нур-Аб-Сала или он не освобождает Софию из лап нацистов, то вместо Уберманна последнюю трансформацию предпринимает София/Нур-Аб-Сал. София взрывается, убивая Уберманна, а Инди сбегает один и думает почему она его не послушалась.

Персонажи

Протагонисты

• Доктор Генри «Индиана» Джонс-младший — известный археолог и авантюрист.
• София Хэпгуд — известный экстрасенс и бывший археолог. Любовный интерес и компаньонша Инди.

Антагонисты

• Клаус Кёрнер — нацистский солдат, желающий использовать знания Атлантиды во славу Третьего рейха.
• Доктор Ганс Уберманн — физик-ядерщик из Германии, помешанный на орихалке и технологиях атлантов.

Прочие персонажи

• Маркус Броди — верный друг и советник Инди.
• Доктор Бьорн Хаймдалл — археолог в Исландии. В конце игры, найден замёрзшим.
• Доктор Чарльз Штернхарт — археолог который перевёл «Гермократ» Платона. Является смотрителем храма в Тикале. Погибает от голода в Лабиринте.
• Фелипе Коста — делец информацией и антиквариатом, проживающий на Азорских островах.
• Ален Троттье — бизнесмен и торговец из Монте-Карло.
• Омар Аль-Джаббар — торговец и бизнесмен из Алжира.
• Нур-Аб-Сал — мёртвый древний лидер атлантов.

Геймплей

Геймплей основан на системе SCUMM (указания курсором и нажатия на предметы), разработанной Ариком Уилмандером, Бредом П. Тейлором и Винсом Ли, и популярной в 1980—1990-е годы. Игрок исследует неподвижное место действие, вступая в контакт с людьми и различными предметами, используя компьютерную мышь или клавиатуру для указания действий — «Взять», «Использовать» и «Говорить с».

В определённые моменты игроку даётся возможность использовать различные режимы, в которых присутствуют различные загадки и сцены:

• The Team Path — Индиану Джонс сопровождает персонаж София Хэпгуд, помогающая на протяжении всей игры.
• The Wits Path — содержит большой набор сложных паззлов.
• The Fists Path — в основном, сконцентрирован на экшн-сценах и соответствующим пути развития сюжета.

Отзывы

Выход игры сопровождался единодушным одобрением. «Game Informer», «Computer Game Review», «Games Magazine» и «Game Players Magazine» назвали её лучшей приключенческой игрой года. Основываясь на шести обзорах, GameRankings оценил игру на %90.

Было продан около миллиона экземпляров игры на всех выходивших платформах и в наши дни считается классикой жанра.

В обзоре в журнале «Dragon Magazine» (номер 193) было написано, что это «одна из игр, которые нужно обязательно приобрести» — игре было присвоено 5 звёзд. В 2008 году журнал «Retro Gamer Magazine» оценил «мастерство повествования» в игре.