Зоны

• Isolated Island/Practice Stage (Изолированный остров/Разминочный этап). В режиме сюжета игрок первоначально попадает на этот этап, называемый вступительным, где в качестве игрового персонажа ему предоставляется Ехидна Наклз. После того, как игрок спасает Хамелеона Эспио, он переносится на специальный этап (который можно пропустить), где ему объяснят принципы игры. Затем игрок опять попадёт на «Isolated Island», чтобы на практике отработать приёмы, о которых он узнал. Это самая быстрая и короткая зона в игре, не имеющая врагов и препятствий, и не поделённая на уровни. После этой зоны игроку предоставляется свободный выбор своего персонажа и он переносится в «Newtrogic High»/«World Entrance». Впоследствии, зона «Isolated Island» более не появляется в сюжете игры, однако будет доступна в тренировочном режиме.

• Newtrogic High/World Entrance. Эту зону игрок посещает после каждого уровня. Здесь он может сохраниться, выйти из игры, выбрать нового партнёра или новый уровень. «Newtrogic High» не является зоной в прямом смысле слова, поэтому здесь отсутствует деление на уровни, нет колец и противников. Однако битва с предпоследним боссом игры проходит именно здесь, в месте выбора уровней.

• Botanic Base (Ботаническая база). Самая естественная часть Карнавального острова — гигантская оранжерея, наполненная геометрическими джунглями и основанными на флоре роботами-бадниками. Согласно старой игровой традиции серии Sonic the Hedgehog, этот, теоретически, первый этап представляет собой лесистую местность. В зоне присутствуют особые двери, ведущие в коридоры вне уровня. В конце «Botanic Base» Доктор Роботник, с помощью железной клешни, удерживает напарника игрока в воздухе, и в таком положении игрок должен победить злодея.

• Speed Slider (Скоростной бегунок). Скоростная зона, напоминающая «американские горки», похожая на зоны «Casino Night» из Sonic the Hedgehog 2 и «Carnival Night» из Sonic the Hedgehog 3, и изображённая на североамериканской и европейской обложках игры. В зоне также присутствует некая платформа, которая медленно поднимается, но быстро падает. В конце 5-го уровня предстоит сразится с Доктором Роботником на его карусели.

• Amazing Arena (Удивительная Арена). Это — единственная зона в игре, требующая от игрока цели, которая должна быть достигнута, прежде чем он дойдёт до конца. В начале уровней пейзаж на фоне преобладает в серых тонах, с медленной музыкой, но, когда игрок находит выключатель света, арена становится яркой и красочной, а музыка — быстрой и весёлой. Подсказкой к выключателю является стрелка-направление, время от времени появляющаяся в верхнем правом углу. Если игрок, дойдя до конца уровня, не нашёл выключатель, то этот уровень не засчитывается как пройденный. Похожий игровой процесс был на уровне «Sandopolis, Act 2» в игре Sonic & Knuckles, только там включение света было необязательным, так как только на время отпугивало призраков, разбуженных появлением игрока. В отличие от других зон, на каждом уровне «Amazing Arena» присутствует дополнительный босс, представляющий собой огромного робота, сделанного по образу самого Доктора Роботника, однако игроку необязательно встречаться с ним и побеждать его. Главный же босс зоны — Доктор Роботник на летающей машине, не только стреляющей в игрока, но ещё и вызывающей роботов-бадников.