Галактика состоит из нескольких десятков звёзд, расположение которых перед каждой игрой генерируется случайным образом. Каждая звезда имеет одну планету (иногда встречаются звёзды без планет). Существуют разные типы звёзд (различающиеся цветом — красные, жёлтые, фиолетовые и так далее) и планет (земного типа, океанические, ядовитые, покрытые тундрой и другие).

Экономика

Экономическая сторона игры реализована несколько проще, чем в Civilization. Каждая из контролируемых игроком планет имеет несколько параметров, главными из которых являются население и объём промышленного производства. Население зависит от типа планеты (на планетах земного типа можно разместить больше жителей, чем на пустынных или бесплодных). Возможна пересылка населения между планетами с помощью транспортных кораблей. Производство зависит от населения планеты, числа заводов (factories) на ней и уровня развития промышленных технологий. Суммарная мощность распределяется между 5 областями:

• Ship — строительство кораблей (игрок может указать, каких именно; в зависимости от трудоемкости, за один ход может быть произведено несколько кораблей либо, наоборот, строительство одного корабля растягивается на несколько ходов);
• Def — строительство защитных сооружений — ракетных баз и планетарных щитов;
• Ind — строительство заводов, которые повышают уровень производства планеты (максимальное число заводов зависит от населения планеты);
• Eco — улучшение окружающей среды планеты, которое очищает её от промышленного загрязнения (если загрязнение достигнет высокого уровня, планета станет нежизнеспособной) и повышает прирост населения;
• Tech — производство RP (research points — единицы исследования).

Планеты также приносят денежный доход, выражающийся в BC (billion credits). Он расходуется на содержание кораблей и ракетных баз, шпионаж и контршпионаж.

Технологическое развитие

RP, поступающие со всех планет империи, суммируются. Игрок распределяет их между 6 сферами:

• Computers (компьютерные технологии);
• Construction (конструирование);
• Force Fields (силовые поля);
• Planetology (планетология);
• Propulsion (двигатели и топливо);
• Weapons (оружейные технологии).

В каждой сфере можно выбрать одну из нескольких предложенных технологий. Таким образом, одновременно исследуется до 6 технологий — по одной в каждой сфере. Скорость разработки зависит от вложенных в неё RP и расы (например, люди быстрее исследуют силовые поля, меклары — компьютеры, а учёные псилонов одинаково успешны в каждой сфере). Никакая раса не может изучить все технологии: набор технологий, доступных для изучения, случайным образом определяется в начале игры (но самый полный набор всегда у псилонов). Недоступные для изучения технологии можно получить от других империй путём обмена или грабежа.

Конструирование кораблей

Master of Orion была одной из первых игр, в которых были реализованы конструирование кораблей и тактические бои.

Игрок конструирует корабли, самостоятельно выбирая для них уровень брони, боевой компьютер, двигатели, оружие и так далее. Число доступных для выбора предметов зависит от уровня соответствующих технологий. Набор компонент очень многообразен, и многотысячная армия кораблей может стать бесполезной из-за появления у противника новой технологии. Серьёзным ограничением является то, что одновременно может существовать не более 6 типов кораблей; для создания нового надо удалить один из предыдущих вместе с относящимися к нему кораблями.