Пока шла война, операции по делению Метроидов внутри штаба пиратов скоро стали реальностью. В отчаянных поисках выхода, федерация решила, что остался единственный вариант — проникнуть на Zebes, и уничтожить лидера Космических Пиратов, «Mother Brain». Трудность состояла в том, что планета Zebes представляла собой природную крепость, в виде огромного лабиринта. По всему лабиринту находились разнообразные ловушки и союзники пиратов. Миссия ясно указывала, что для её завершения требуется особенный представитель, и федерация выбрала для неё самого сильного изо всей организации Космических Охотников. Это была Самус Аран.

Samus, хотя и была человеком, имела кибернетический костюм, соединённый с её телом (в некоторых местах — хирургическим путём), что давало ей огромный источник силы. Она завершила множество миссий, казавшихся невозможными.

Таким образом, Samus продвигается по планете-крепости Zebes, собирая оружие и защитные приспособления, открывая новые места, побеждает Kraid, Ridley и Mother Brain, и в конце уничтожает всех Метроидов на планете.

Заметки

Игра была одной из первых, предоставлявших весьма нелинейное прохождение на домашней консоли, и следующие части игры продолжали эту тенденцию. Эта игра, вместе с остальными играми серии, также заметна смешением различных жанров, поставленных на постоянную модель игры.

Также, Metroid была одной из первых игр, использующих систему паролей. Оригинальная игра, выпущенная для приставки Famicom/Famicom Disk System, позволяла сохранять состояние игры на диск, но американский релиз был в формате картриджа NES, и не содержал памяти, подпитываемой батарейкой. Решение использовать пароли было принято не потому, что игры того времени не могли использовать память с батарейкой. Например, игра The Legend of Zelda, выпущенная несколькими месяцами позже в Японии, имела память. В игре Metroid, когда у Samus кончалась энергия, игроку давался 24-символьный пароль. На титульном экране были две опции: Старт и Продолжить. «Старт» начинал новую игру, а выбрав опцию «Продолжить», игрок мог ввести пароль, полученный в предыдущей игре. После этого он мог продолжать игру, начиная с места, в которой он её закончил, с теми же предметами и игровым прогрессом, которые у него были. Однако, для многих игроков эта система была слишком неудобной и надоедливой. Продолжение игры, Metroid II: Return of Samus, вместо паролей использовало память на батарейке.

Игра присутствует в качестве бонуса в Metroid Prime. В 2004 Nintendo выпустила Metroid: Zero Mission для портативной консоли Gameboy Advance. Эта игра также включала в себя оригинальный Metroid в качестве бонуса, который открывался после прохождения игры. В этом же году Nintendo выпустила оригинальный Metroid для Gameboy Advance как часть «Классической Серии NES».

Famicom Disk System

Перед тем как выйти на NES, игра была выпущена в Японии на приставке Famicom Disk System. В отличие от версии NES, эта версия имела систему сохранения с тремя слотами, нежели длинные пароли. Имея преимущество в том, что игроку не надо записывать длинные пароли вручную, имеет и недостаток, состоящий в том, что JUSTIN BAILEY и прочие доступные через пароли возможности, недоступны на FDS. Поэтому, Samus без брони в игре нет, даже в качестве приза за завершение игры. Единственная «награда» за завершение игры — это мешок с деньгами в слоте сохранения, означающий пройденную игру.