Пройдя через Мёртвый Бассейн и Портал Лю Кан и Кун Лао оказываются в Незереалме. Там они наблюдают поединок Саб-Зиро и Нуб-Сайбота. Саб-Зиро замораживает Нуб-Сайбота, но тот сбегает. После этого Саб-Зиро сообщает монахам, что он думает, что Нуб-Сайбот это его брат и что Скорпион всё ещё где-то поблизости и обязательно найдёт их и попытается уничтожить.

Скорпион действительно находит воинов, но в тяжёлой битве с призраком монахам удаётся выиграть. После победы над Скорпионом монахи отправляются в Портал, где их снова встречает Рейден, который рассказывает им, что они уже готовы встретиться с Шан Цзуном в поединке.

Монахи отправляются в литейный цех дворца Шао Кана, где их встречает Джакс, который наставляет пистолет на Кун Лао. Майор сообщает им, что Рейден сопровождал его в дороге по литейному цеху, чтобы спасти Соню Блейд. Джакс также рассказывает монахам, что Рейден всё время был рядом.

Кун Лао начинает подозревать, что «Рейден», который давал им указания на самом деле — замаскированный Шан Цзун. Кун сообщает о своих подозрениях Лю, но тот считает, что Кун Лао — это Шан Цзун в маскировке и атакует его. Прежде чем монахи получают возможность продолжить выяснение отношение между ними появляется «Рейден», который рассказывает, что ему удалось заставить монахов дать ему огромное количество душ убитых ими врагов. В следующую секунду Рейден получает удар фаерболом от Шао Кана, который приглашает монахов следовать за ним на арену, чтобы приступить к финальной схватке.

На арене Лю Кан спрашивает Кана о Рейден и тот заявляет, что Рейден здесь и хочет увидеть воинов. Затем появляется сам «Рейден», который пытается атаковать их посохом. После неудавшейся атаки «Рейден» принимает облик Шан Цзуна и пытается убить монахов. Несмотря на использование своих превращений Цзун проигрывает монахам и Лю Кан сворачивает ему шею.

Кан заявляет, что во Внешнем Мире все служат его воле, даже те кто хотят предать его. затем Кан натравливает на воинов Кинтаро.

Победив четырёхрукого монстра, монахи вступают в схватку с самим императором. Несмотря на все трудности, монахам удаётся победить императора. Появившийся Рейден превращает Кана в статую, которую затем разбивают Лю Кан и Кун Лао. Толпы народа и принцесса Китана приветствуют победителей, а Рейден объявляет Лю Кана и Кун Лао чемпионами смертельной битвы. Все вместе они уходят, а на арене среди толпы празднующих людей появляется Куан Чи, который находит среди обломков статуи Кана амулет Шиннока и забирает его себе.

Расхождения между сюжетами Mortal Kombat Shaolin Monks и Mortal Kombat 2

До выхода Mortal Kombat Shaolin Monks, комикс Mortal Kombat 2, распространявшийся в качестве бонуса к игре и написанный одним из создателей серии, Джоном Тобиасом, считался однозначным каноном, также, как и биографии персонажей в самой игре. После выхода МКSM, статус комикса и некоторых биографий в МК2 стал причиной споров о том, что является из них каноном, так как многие вещи, так как они показаны в МКSM противоречат не только Mortal Kombat 2 и комиксу по игре, но и некоторым другим играм серии.

Хотя основа у сюжета одна (разрушение острова Шан Цзуна, атака таркатанов на Шаолиньский Храм, возвращение Шан Цзуну молодости, ловушка в Внешнем Мире для бойцов Земного Царства и так далее), детали и порядок событий отличаются.

• Появление шрама у Саб-Зиро никогда не было объяснено официально. МКSM разрушило давнюю теорию фанатов о том, что свой знаменитый шрам Саб-Зиро получил во время бегства из Лин Куэй перед началом вторжения Кана в Mortal Kombat 3. Это теория возникла из-за биографии Саб-Зиро, где написано о том, что он был «помечен», на смерть кланом Лин Куэй. Согласно МКSM Саб-Зиро получил свой шрам во время битвы с Кун Лао. Продюсер игры Шон Хеммерик написал в чате Fight Night, что выражение «помечен на смерть» в биографии Саб-Зиро в МК3 — это фигура речи и не надо понимать это выражение буквально.