В марте 2004 года к игре обратился также журнал Retro Gamer, опубликовав большой обзор в преддверии выхода версии для Xbox. Авторы утверждают, что игра сломала застоявшееся представление об играх путём создания сюжета с кинематографическими сценами, вставленными между геймплейными частями. По их словам, данная концепция, использованная в стартовой заставке, между уровнями и в концовке стала абсолютно новой в индустрии и впервые по-настоящему впечатлила игровую общественность. И добавили по поводу высокой сложности: «Это потрясающий вызов даже для геймеров-ветеранов, требующий не только впечатляющих игровых навыков, но и постоянной умственной работы».

Перед выходом версии для Virtual Console, в 2007 году, игра вновь была удостоена множества лестных отзывов, прежде всего за продуманный сюжет, обилие нарратива и кинематографические вставки в стиле аниме. Многие критики вновь усмотрели идентичность с «Кастельванией», отмечались схожий интерфейс с расположением шапки параметров вверху экрана; предметы, выпадающие из развешанных по уровням светильников; схожая система вспомогательного оружия. Сайт 1UP.com в своём обзоре заявил, что эти игры обладают разной динамикой, и многие действия, обычные для Ninja Gaiden, в Castlevania попросту невозможны. Многие современные издания сошлись во мнении по поводу революционности игры, согласившись с новизной кат-сцен, высоким качеством музыки и с присутствием незабываемой мрачной атмосферы. Из отрицательных качеств в рецензиях всегда упоминается высокая сложность, особенно на поздних уровнях, которые, как считает 1UP.com, попросту насмехаются над игроком. Обозреватель GameSpot отмечает, что «игра разобьёт игрока в пух и прах», придётся вновь и вновь начинать сначала, безрезультатно пытаться преодолеть коварно расставленных противников и выживать в яростных сражениях с боссами. Как утверждается в ревью, в самом начале игра сравнительно проста, но где-то с середины второго акта сложность резко возрастает и продолжает расти до самого конца; последний акт журналист называет «днищем геймерского ада». Однако в конце статьи автор приходит к выводу, что излишне высокий уровень сложности компенсируется захватывающим геймплеем.

С момента разработки игры прошло более чем двадцать лет, но, несмотря на это, она до сих пор продолжает фигурировать в различных опросниках и хит-парадах. Так, в 2006 году сайт Joystiq на основе голосования с участием 12 тысяч геймеров поставил игру на десятое место в списке лучших игр для NES. Портал IGN назвал Ninja Gaiden в числе лучших платформеров всех времён и семнадцатой лучшей игрой для NES за всю историю консоли. Журнал Game Informer в своём сотом юбилейном выпуске поместил её на 93-ю позицию списка величайших игр всех времён. В списке двухсот величайших игр своего времени, составленном журналом Electronic Gaming Monthly, «Легенды о ниндзя» не оказалось, хотя позже редакция призналась, что специально исключила игру. Впоследствии платформер был помещён ими на шестнадцатое место списка 25-и самых популярных наименований, которые, по мнению издания, не заслуживают называться великими. В частности, они припомнили игре копирование идей Castlevania. В 2005 году журнал Nintendo Power поставил Ninja Gaiden на 89-е место в хит-параде лучших игр для консолей Nintendo. В августе 2008-го они же назвали игру десятой лучшей для приставки NES, похвалив геймплей и революционные для своего времени кинематографические кат-сцены. Сайт IGN увековечил также и музыкальное сопровождение игры, поместив его в свою подборку «Лучшие 8-битные саундтреки».

Редакторы Nintendo Power в 2010 году чествовали игру в ноябрьском выпуске журнала, посвящённом 25-летнему юбилею приставки NES. Особенно положительно ими была отмечена американская обложка, на которой изображён ниндзя на фоне объятого огнём города, — она, в соответствии с их предпочтениями, находится в числе любимейших дизайнов библиотеки консоли. Главный редактор Крис Слэйт кроме обложки похвалил ещё и высокую сложность с бесконечно появляющимися противниками и птицами, стремящимися столкнуть персонажа в пропасть. Кроме того, он одобрительно отозвался о других элементах геймплея, таких как лазанье по стенам и применение техник нимпо, а наивысшей оценки удостоил начальную заставку, сцену, в которой два ниндзя при свете луны взмывают в воздух, чтобы скрестить свои мечи в последнем смертельном поединке. «Ninja Gaiden была настолько крутой, насколько только могла быть 8-битная игра. В особенности для повёрнутых на ниндзя детей 1980-х годов, таких как я, хранящих замусоленные видеокассеты с фильмом „Входит ниндзя“».

Связанные релизы

 — он как будто наносит удар по воздуху плотно сжатым кулаком.

Отдельный диск с саундтреком из игры, получивший название Ninja Ryukenden: Tecmo GSM-1, был выпущен в феврале 1989 года компанией Pony Canyon. Первая половина диска представляет собой смесь из аранжированных мелодий, тогда как на второй записаны существенно улучшенные версии тех же композиций с поддержкой стереозвука и дополнительными каналами импульсно-кодовой модуляции. Кроме всего прочего, в качестве бонуса на CD представлена музыка из аркадной версии.

«Легенда о ниндзя» дважды фигурирует в художественном фильме «Волшебник», снятом в 1989 году студией Carolco Pictures. В первом случае главного героя повествования показывают играющим в неё на аркадном автомате, установленном в придорожной забегаловке. Потом, после некоторого развития сюжета, протагонист участвует в чемпионате по компьютерным играм, где Ninja Gaiden является игрой на квалификационный раунд.