Дракон Орты может трансформироваться в три различные формы: «Base Wing» (Базовое крыло, стандартный класс, не слабый и не сильный), «Heavy Wing» (Тяжёлое крыло, наступательный класс с меньшей мобильностью), и «Glide Wing» (Скользящее крыло, данный класс хорош для отражения снарядов). Каждая из этих форм может быть усовершенствована путем сбора «генетической базы» (Gene bases). «Скользящее крыло» даёт дракону возможность выполнить «бочку», что достигается нажатием на стики геймпада вправо или влево два раза.

Датчик скольжения (Glide Gauge) не позволяет дракону замедляться или ускоряться много раз, поскольку это уменьшает показатель датчика. Когда датчик пуст, дракон больше не может замедляться или ускоряться, а игрок должен ждать его медленного пополнения. При полном датчике «Glide Wing» может ускорить или замедлить дракона три раза, в то время как «Base Wing» может сделать это только два раза. «Heavy Wing» не может замедлить или ускорить животное, но может нанести большой урон благодаря своей мобильности.

Кроме датчика скольжения, каждый тип дракона также имеет различные датчики берсерков (Berserk Gauge). Использование берсерков истощает размер датчика, но с течением времени он постепенно пополняется. Кроме того, нанеся большой ущерб врагам, дракон может стать неуязвимым на короткий период времени. В случае «Glide Wing» во время атаки также пополняется количество жизни игрока.

Во время битвы с боссами игрок может также расположить дракона впереди, сбоку или позади босса, используя ускорения или замедление. На экране радара отражены уязвимые и защищённые части тела босса, однако их положение может измениться. Игрок должен использовать эту информацию, чтобы атаковать босса и избежать его ударов.

В конце каждого эпизода игроку присваивается ранги: S, A, B, C и D. Самый высокий ранг — S, низкий — D. Эти ранги влияют на побочные миссии (включая все семь эпизодов из истории Айвы).

Сюжет

Основная история Panzer Dragoon Orta происходит спустя несколько лет после событий Panzer Dragoon Saga. Сюжет разделён на десять эпизодов. Империя вновь достигает своего расцвета и использует технологии Древних для создания генно-инженерных драконов Драконмарс (Dragonmares). Новые драконы быстро распространяют хаос и террор, разделяя народы и людей в Империи.

Главная героиня игры — молодая девушка по имени Орта, которая прожила всю свою жизнь в заключении в высокой башне, находящейся в горах около долины Уэлико (Yelico). Искатели (Seekers), люди которые там её держат, считают, что она является предвестником гибели мира. Однажды ночью войска Империи под руководством Драгонмарсов вторгаются в долину, уничтожая город и башню Орты. Однако прежде чем Драконмарсам удаётся причинить вред героине, появляется таинственный Дракон и уничтожает их. Испуганная и растерянная Орта быстро улетает на спине Дракона. Эврен, лидер армии и эскадрильи, следует за Ортой и окружает её, но героиню спасает Абадд (Abadd). Прежде чем улететь, он загадочно намекает на важность Орты.

Орта просит Дракона последовать за ней. В её поисках помогает доброжелательный Мобо (Mobo). Он ведёт Орту через долину реки и море пепла. В это время в посёлке Вормрайдерс (Wormriders) строится гигантское парящее существо, названное Латум (Lathum). Войска Империи атакуют Латума, и во время сражения Мобо оказывается сбит. В бою дракон Орты побеждает эскадру Эврена, но из-за взрыва его Драконмарса героиня с Драконом падают вниз.