Центральный парк Нью-Йорка

Вечером того же дня Айя и Дэниэл вынуждены направиться в заполненный монстрами Центральный парк, где Мелисса Пирс (Ева) дает концерт для ничего не подозревающих жителей Нью-Йорка. Там же были сын Бен и бывшая жена Дэниэля. Все люди в парке превращаются в некую жижу; После концерта Айя вновь встречает Майю. Дойдя до противоположной стороны парка она опять видит Еву и пытается сразиться с ней в запряженной лошадью повозке, но Ева ускользает от неё, а повозка разбивается. К этому времени митохондриальные монстры начинают угрожать городу, и полиция начинает эвакуацию Манхэттена.

Айю находят Дэниэл и японский турист Кунихико Маэда. Маэда рассказывает Айе и Дэниэлу историю схожих событий в Японии — когда ученый-биолог, попытавшийся спасти свою жену от смерти, умышленно отдал её под контроль эволюционировавших митохондрий. Маэда предполагает, что Ева, как и её японская предшественница, попытается родить ребёнка — полностью митохондриальное сверхсущество. Уставшая, Айя ложится спать.

Больница Святого Франциска

На следующий день в поисках объяснения собственным силам Айя снова обращаются к доктору Клампу, который исследует кровь Айи и обнаруживает, что её собственные митохондрии тоже являются эволюционировавшими. Маэда считает, что Ева для зачатия ребёнка попытается добыть мужскую сперму, в больнице Святого Франциска, где находится крупнейший в Нью-Йорке банк спермы. Чтобы доложить обо всем начальству, они едут в участок, но обнаруживают, что Ева их опередила. Айя узнает, что Бен — сын Дэниэля побежал за полицейской собакой Шевой, которая скорее всего уже находится под действием митохондрий Евы, и она следует за ним. После того как Айя сразится уже с мутировавшей Шевой, она обещает Бену отомстить. Ева, воспользовавшись событиями в участке, опережает Айю и похищает образцы спермы. После этого она убивает двух членов Вооруженных сил США,и их самолеты разбиваются на крыше госпиталя.

Эволюция

Айя обнаруживает, что цитоплазматическая биомасса, образовавшаяся при разложении эволюционировавшими митохондриями тел погибших жителей Манхэттена на концерте, собирается в канализации под городом. Скоро Айя узнает, что и доктор Кламп, и она сама являются частью заговора: именно Кламп много лет назад ставил эксперименты над митохондриями, и Айя и Мелисса Пирс стали реципиентами, получившими эволюцинировавшие митохондрии. Айя прибывает в Музей естественной Истории, где она ищет Еву. Скоро она узнаёт, как Ева сотворяла всех этих кровожадных монстров. Найдя её на четвёртом этаже, она узнает — Ева уже беременна и её срок — Не 9 месяцев! Айя пытается сразиться с беременной Евой в Музее естественной истории, но Ева покидает его, находя безопасное убежище на острове Свободы, где сформировавшийся из биомассы великан разрушает статую Свободы. Благодаря помощи военных Айя попадает на остров и сражается с Евой, где одерживает победу над недоумевавшей Евой. Все, что она напоследок сказала, так это: «Неужели лишь ты наш единственный враг!?»

«Liberation»

Радостная и «свободная» она попадает на палубу Крейсера Вооруженных сил США. Но случилось ужасное — Сверхсущество родилось. Айя из последних сил сражается с ним, и вскоре получает от Маэды патроны с её митохондриями, которые помогают одержать над ним верх. Но и этого оказалось мало — Сверхсущество все ещё живо, и Айя принимает решение взорвать Крейсер, при этом чудом спасаясь сама.