Прилетев на Маригленн команда узнаёт, что на планете есть Руна (Rune) и существо контролирующее её Мать (Mother), по вине которого галактика наполнена монстрами и из-за которого Мариглен был отделён от остальной галактики 10 000 лет назад. Единственным способом победить Мать является священный меч Зио Сайкрос (Zeo Sychros) который должен использовать Звёздный Король. Для создания меча команда отправляется собирать Дригеллум (Drigellum). Получив меч группа отправляется на сражение с Матерью, которая оказывается колдуньей Ильзарбеллой (Ilzarbella) напитавшейся силой Руны. После победы над ней Руна затягивает появившийся выше боевой корабль Дейтрона и из него выпадают Валког и его ассистенты Норма (Norma) и Айзленд (Izeland) и из-за воздействия Руны становятся огромным монстром. Появляется мать Кисалы, которая отдаёт ещё один Дригеллум, что заставляет Зио Сайкрос преобразоваться в более мощный меч. Группа разделяется и ломает злодея по частям. После победы пираты так и не получают никакого сокровища, но Доргенгоа достаточно, что его дочь счастлива. Маригленн возвращается на своё место в галактике, но на нём проходят 10 000 лет, которые он отсутствовал и всё это время они ждали Кисалу, которая должна стать их королевой. Кисала соглашается править планетой, а пираты решают выкрасть Кисалу, поскольку они пираты.

Разработка

Впервые игра была показана в июле 2005 года на мероприятии PlayStation Meeting 2005. В конце мероприятия на сцену поднялся президент Level-5 Хино который представил игру и показал двухминутный ролик. По словам Хино, студия занималась разработкой игры с 2003 года и это самый большой проект их студии на то время. На том же мероприятии был анонсирован выход игры на японский рынок в декабре того же года с Sony Computer Entertainment в качестве издателя. Релиз игры на японском рынке состоялся 8 декабря 2005 года. За пределами Японии игра появилась только летом 2007 года, но помимо локализации игра содержала графические улучшения, новые диалоги, новую планету, новые костюмы, новое оружие, новые способности, изменение некоторых элементов геймплея и другое.. Эта версия игры распространялась на двухслойном DVD. Позже в том же году эта версия игры была выпущена и в Японии, где получила подзаголовок Director’s Cut.

Музыка

Написанием музыкального сопровождения к игре занимался главный композитор студии Level-5 — Нисиура

. Вокальную тему — «Dreaming My Way Home» написала, аранжировала и исполнила американская певица Barbara Kessler.

25 января 2006 года вышел также альбом из 10 треков «Rogue Galaxy Premium Arrange». В качестве аранжировщиков этого альбома участвовали такие известные композиторы музыки для компьютерных игр, как Мицуда, Ито, Симомура, Сакураба и Ивадарэ.