Сюжет

В конце Sonic the Hedgehog 3 ёжик Соник сумел предотвратить запуск «Смертельного Яйца» (Death Egg) — огромной космической станции Доктора Роботника. Станция рухнула обратно на остров Ангелов, наполовину застряв в кратере огромного вулкана. Однако Роботник запланировал восстановить своё изобретение и занялся поиском Главного Изумруда — могущественной реликвии, испокон веков охраняемой родом ехидны Наклза.

Ведя игру за каждого персонажа, игрок получает разную сюжетную линию.

Сюжетная линия Соника

Соник оказывается на неизведанной части Острова Ангелов и начинает идти по следам Доктора Роботника, продолжающего заполнять всё вокруг своими машинами. На пути Соника продолжает появляться Наклз, доверяющий Роботнику, и ставить ежу всяческие препятствия. Соник достигает пещер под вулканом, в то время как «Смертельное Яйцо» Роботника уже начинает новый старт, и злодею остаётся только захватить Главный Изумруд.

В месте, где хранится Изумруд — Тайном Дворце (Hidden Palace) — Соник вновь сталкивается с Наклзом и вступает с ним в бой. Как раз в этот момент появляется Доктор Роботник и похищает Изумруд. Поняв, что его обманывали, Наклз объединяется с Соником и помогает ему добраться до портала, ведущего к древнему парящему в облаках святилищу. Дальше Соник действует в одиночку и на пути к уже поднимающемуся в космос Смертельному Яйцу он трижды сражается с Меха Соником.

Соник проникает в Смертельное Яйцо и доводит космическую станцию до саморазрушения, а затем вступает в бой с огромным роботом Роботника, использующим силу Главного Изумруда. После его уничтожения Соник вместе с Изумрудом падает в океан, но их подхватывает лисёнок Тейлз на своём самолёте, и вместе они возвращают Главный Изумруд обратно на Остров Ангелов Наклзу.

Если игрок на протяжении игры собрал все семь Изумрудов Хаоса, то он получает дополнительный уровень — «Doomsday», в котором преследует сначала корабль, а потом и самого гигантского робота Эггмана.

(В игре возможны две концовки: если игрок собрал изумруды и прошёл «Doomsday Zone», то Остров Ангелов поднимается к облакам; в противном случае он опускается на поверхность океана).

Сюжетная линия Наклза

После событий Sonic the Hedgehog 3 Доктор Роботник, задумав похитить Главный Изумруд, решает избавиться от Наклза. Он посылает одного из своих ЭггРобо (роботов, сконструированных по его образу) и тот бросает бомбу рядом со спящим Наклзом. Однако Наклз замечает её и избегает взрыва, после чего начинает погоню за ЭггРобо, чтобы не дать ему завладеть Главным Изумрудом.

Попав в Тайный Дворец, откуда ЭггРобо уже успел похитить Изумруд, Наклз с помощью портала гонится за ним к небесному замку. Однако там ЭггРобо умирает от другого творения Роботника — Меха Соника, который тут же вступает в битву с ехидной. Не сумев одолеть Наклза один раз, Меха Соник использует силу Главного Изумруда, принимая супер-форму, и Наклз снова сражается с ним.

Когда Наклз окончательно побеждает Меха Соника, замок в облаках обваливается. Но на помощь Наклзу приходит Соник, управляющий самолётом Тейлза. Вместе они отвозят Главный Изумруд на остров Ангела.

(Так же как и в случае с игрой за Соника, в конце игры парящий на заднем плане Остров Ангелов поднимается в верхние слои атмосферы, если игрок собрал все семь Изумрудов Хаоса).

Сюжетная линия Наклза происходит после истории Соника и Тейлза. Например, на уровнях «Lava Reef» и «Hidden Palace» нет «Death Egg», так как он был разрушен, а в «Sandopolis» уже сразу летают призраки, потому что они были отпущены ранее Соником и Тейлзом.